"Die Theorie der Evolution der Engel" ist eine Manga-Serie, die in einer dystopischen Zukunft spielt, in der die Menschheit durch eine mysteriöse Krankheit, bekannt als "Engelskrankheit", bedroht wird. Diese Krankheit verwandelt die Betroffenen in übermenschliche Wesen, sogenannte Engel, die jedoch ihre menschliche Identität verlieren und eine Gefahr für die verbliebene Zivilisation darstellen. Die Handlung konzentriert sich auf eine Gruppe von Wissenschaftlern, die versuchen, die Ursprünge und die Natur der Krankheit zu verstehen, um eine Heilung zu finden.

Die Protagonistin, Dr. Aya Fujimiya, ist eine brillante Genetikerin, die ihre Karriere der Erforschung der Engelskrankheit widmet. Ihr persönliches Motiv ist die Rettung ihres jüngeren Bruders, der sich in einem fortgeschrittenen Stadium der Krankheit befindet. Aya arbeitet eng mit einem Team von Forschern zusammen, darunter der pragmatische Virologe Dr. Haruto Saito und die empathische Neurologin Dr. Rina Tachibana. Gemeinsam untersuchen sie die genetischen und neurologischen Veränderungen, die die Krankheit verursacht, und stoßen dabei auf unerwartete Verbindungen zu alten Mythen und religiösen Überlieferungen.

Im Laufe der Serie wird deutlich, dass die Engel nicht nur eine biologische Bedrohung darstellen, sondern auch eine tiefere, fast spirituelle Bedeutung haben. Die Forscher entdecken Hinweise darauf, dass die Krankheit möglicherweise ein evolutionärer Schritt der Menschheit ist, der jedoch mit enormen Risiken verbunden ist. Diese Erkenntnis führt zu ethischen Dilemmata und Konflikten innerhalb des Teams, insbesondere als sie auf eine geheime Organisation stoßen, die die Krankheit für ihre eigenen Zwecke nutzen will.

Die Handlung ist geprägt von wissenschaftlichen Untersuchungen, politischen Intrigen und persönlichen Tragödien. Die Charaktere müssen sich nicht nur mit den physischen Bedrohungen durch die Engel auseinandersetzen, sondern auch mit den moralischen Fragen, die ihre Forschung aufwirft. Die Serie verbindet Elemente aus Science-Fiction, Drama und Thriller, wobei die wissenschaftliche Genauigkeit und die emotionalen Konflikte der Charaktere im Vordergrund stehen.