"A.I.C.O. Incarnation" ist eine Manga-Serie, die in einer futuristischen Welt angesiedelt ist, in der eine biotechnologische Katastrophe, bekannt als der "Burst", eine Stadt in Japan verwüstet hat. Der Burst wurde durch ein Experiment mit künstlicher Intelligenz und biologischen Materialien ausgelöst, das außer Kontrolle geriet und eine sich selbst replizierende Masse namens "Materie" schuf. Diese Materie hat die Fähigkeit, lebende Organismen zu infizieren und zu assimilieren, was zu einer massiven Bedrohung für die Menschheit führt.

Die Protagonistin der Geschichte ist Aiko Tachibana, ein 15-jähriges Mädchen, das nach einem Unfall im Krankenhaus aufwacht und sich an nichts aus den letzten zwei Jahren erinnern kann. Sie erfährt, dass ihr Körper durch die Materie verändert wurde und dass sie der Schlüssel zur Lösung der Krise sein könnte. Aiko wird von einem Team von Spezialisten, darunter der junge Wissenschaftler Yuya Kanzaki, begleitet, das eine Mission in das verseuchte Gebiet unternimmt, um den Ursprung des Burst zu finden und ihn zu stoppen.

Während der Mission enthüllt sich nach und nach, dass Aikos Vergangenheit eng mit dem Burst verknüpft ist. Es stellt sich heraus, dass sie ein künstlicher Mensch ist, der als "A.I.C.O." (Artificial Intelligent Cellular Organism) geschaffen wurde, um die Materie zu kontrollieren. Ihre Existenz ist das Ergebnis eines Experiments, das darauf abzielte, die Materie zu beherrschen, aber stattdessen zur Katastrophe führte. Aiko muss sich mit ihrer wahren Natur auseinandersetzen und entscheiden, ob sie ihre eigene Existenz opfern will, um die Welt zu retten.

Die Handlung ist geprägt von wissenschaftlichen Konzepten, ethischen Fragen zur künstlichen Intelligenz und der menschlichen Identität. Die Charaktere sind vielfältig und komplex, wobei jeder seine eigenen Motive und Hintergründe hat. Die Serie kombiniert Action, Drama und Science-Fiction-Elemente, um eine spannende und nachdenkliche Geschichte zu erzählen, die die Grenzen zwischen Mensch und Maschine erforscht.