"Animal Joe" ist eine Manga-Serie, die in einer dystopischen Zukunft spielt, in der die Grenzen zwischen Mensch und Tier verschwimmen. Die Handlung dreht sich um Joe, einen jungen Mann, der in einer Welt lebt, in der genetische Experimente zur Schaffung von Hybridwesen, sogenannten "Animalians", geführt werden. Diese Wesen besitzen sowohl menschliche als auch tierische Eigenschaften und werden von der Regierung und mächtigen Konzernen kontrolliert und ausgebeutet.

Joe selbst ist ein Hybrid, der jedoch seine tierischen Fähigkeiten lange Zeit verborgen hält, um nicht als Versuchsobjekt zu enden. Als seine Identität jedoch entdeckt wird, wird er in eine Reihe von Konflikten hineingezogen, die ihn mit verschiedenen Fraktionen konfrontieren lassen. Auf der einen Seite stehen die Regierung und die Konzerne, die die Animalians als Werkzeuge für ihre eigenen Zwecke missbrauchen. Auf der anderen Seite gibt es eine Untergrundbewegung, die für die Rechte der Animalians kämpft und versucht, die Tyrannei der Mächtigen zu stürzen.

Im Laufe der Geschichte entwickelt Joe enge Beziehungen zu anderen Animalians, darunter Kira, eine katzenartige Hybridin, die eine Schlüsselrolle in der Widerstandsbewegung spielt, und Ryo, einen wolfsartigen Hybriden, der zunächst als Gegner auftritt, sich später jedoch als Verbündeter erweist. Zusammen müssen sie sich gegen übermächtige Gegner behaupten, während sie gleichzeitig versuchen, die Wahrheit über ihre eigene Existenz und die dunklen Geheimnisse hinter den genetischen Experimenten aufzudecken.

Die Serie thematisiert Fragen der Identität, Freiheit und Moral in einer Welt, in der die Grenzen zwischen Mensch und Tier, Gut und Böse, zunehmend verschwimmen. Die Handlung ist geprägt von intensiven Action-Szenen, politischen Intrigen und emotionalen Momenten, die die komplexen Beziehungen zwischen den Charakteren beleuchten.