"Mahōka Kōkō no Rettōsei: Yokohama Sōran-hen (Manga)" ist eine Adaption des gleichnamigen Light-Novel-Arcs und spielt in einer Welt, in der Magie als wissenschaftliche Disziplin etabliert ist. Die Handlung konzentriert sich auf die Geschwister Tatsuya und Miyuki Shiba, die an der First High School, einer Eliteeinrichtung für magisch Begabte, studieren. Tatsuya, obwohl technisch als minderbegabt eingestuft, besitzt einzigartige Fähigkeiten in strategischer Magie und Kampftechniken. Miyuki hingegen gilt als eine der talentiertesten Magierinnen ihrer Generation.

Der Yokohama-Arc beginnt mit einem internationalen Magiewettbewerb, der "Ninenkan", der in Yokohama stattfindet. Schüler aus verschiedenen Ländern nehmen daran teil, darunter auch Vertreter der First High School. Während des Wettbewerbs kommt es zu einer Reihe von terroristischen Angriffen durch eine Gruppe namens "Blanche", die gegen die Diskriminierung von magisch weniger begabten Menschen kämpft. Diese Gruppe nutzt den Wettbewerb als Plattform, um ihre Ziele zu verfolgen, und setzt dabei auch gefährliche Technologien ein.

Tatsuya und Miyuki werden in die Konflikte hineingezogen, als sie versuchen, die Angriffe abzuwehren und die Sicherheit ihrer Mitschüler zu gewährleisten. Tatsuya zeigt dabei erneut seine strategische Brillanz und seine Fähigkeit, auch in aussichtslosen Situationen zu bestehen. Gleichzeitig wird die Beziehung zwischen den Geschwistern weiter vertieft, wobei Miyukis tiefe Zuneigung zu Tatsuya und sein beschützendes Verhalten ihr gegenüber immer wieder thematisiert werden.

Neben den Hauptcharakteren spielen auch andere Schüler der First High School eine wichtige Rolle, darunter Erika Chiba, Leonhard Saijou und Mikihiko Yoshida, die Tatsuya und Miyuki unterstützen. Die Handlung verbindet actionreiche Kampfszenen mit politischen Intrigen und wirft Fragen zur gesellschaftlichen Stellung von Magiern und Nicht-Magiern auf. Der Arc endet mit der Bewältigung der unmittelbaren Bedrohung, lässt jedoch Raum für weitere Entwicklungen in der Welt von "Mahōka Kōkō no Rettōsei".