"Puella Magi Madoka Magica" ist eine Manga-Adaption der gleichnamigen Anime-Serie, die von Hanokage illustriert und von Magica Quartet geschrieben wurde. Die Handlung dreht sich um die Schülerin Madoka Kaname, die in einer scheinbar normalen Welt lebt, bis sie eines Tages auf das mysteriöse Wesen Kyubey trifft. Kyubey bietet Madoka und ihrer Freundin Sayaka Miki die Möglichkeit, einen Wunsch zu erfüllen, wenn sie sich bereit erklären, Magical Girls zu werden und gegen bösartige Wesen, die als "Hexen" bekannt sind, zu kämpfen.

Madoka ist zunächst unsicher, ob sie den Vertrag mit Kyubey eingehen soll, wird jedoch von der erfahrenen Magical Girl Mami Tomoe ermutigt, die ihnen die Welt der Magie und die Gefahren der Hexen zeigt. Sayaka hingegen entscheidet sich schnell, den Vertrag zu unterzeichnen, um den Jungen, den sie liebt, von einer Krankheit zu heilen. Die Situation wird jedoch komplexer, als Homura Akemi, eine rätselhafte und distanzierte Magical Girl, auftaucht und Madoka warnt, den Vertrag nicht zu unterzeichnen, da dies unvorhersehbare Konsequenzen haben könnte.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass der Preis für die Erfüllung eines Wunsches und die Verwandlung in eine Magical Girl weitaus höher ist, als es zunächst scheint. Die Magical Girls müssen nicht nur gegen Hexen kämpfen, sondern auch mit der allmählichen Korruption ihrer Seelensteine, die ihre magischen Kräfte speichern, fertig werden. Sobald ein Seelenstein vollständig verdunkelt ist, verwandelt sich die Magical Girl selbst in eine Hexe. Diese grausame Wahrheit wird besonders durch das Schicksal von Sayaka deutlich, die nach und nach an ihrer Verzweiflung und den Konsequenzen ihres Wunsches zerbricht.

Homura, die zunächst als Gegenspielerin erscheint, enthüllt schließlich, dass sie aus einer alternativen Zeitlinie stammt und wiederholt die Zeit zurückdreht, um Madoka vor einem tragischen Schicksal zu bewahren. Ihr Ziel ist es, Madoka davon abzuhalten, den Vertrag mit Kyubey zu unterzeichnen, da dies in früheren Zeitlinien zu katastrophalen Ereignissen geführt hat. Kyubeys wahre Natur als emotionsloses Wesen, das Magical Girls für seine eigenen Zwecke manipuliert, wird ebenfalls aufgedeckt.

Die Handlung gipfelt in Madokas Entscheidung, ihren Wunsch zu nutzen, um das Schicksal aller Magical Girls zu verändern. Sie opfert sich selbst, um die Regeln der Welt zu ändern und die Existenz der Hexen zu beseitigen. Dadurch wird sie zu einer übernatürlichen Entität, die außerhalb der normalen Realität existiert und die Hoffnung aller Magical Girls verkörpert. Homura bleibt als einzige, die sich an die ursprüngliche Zeitlinie erinnert, und schwört, Madokas Opfer zu schützen.

Die Geschichte verbindet Elemente des Magical-Girl-Genres mit düsteren und philosophischen Themen, die die Konsequenzen von Wünschen, Selbstaufopferung und die Natur von Gut und Böse erforschen. Die Charaktere, insbesondere Madoka, Homura und Sayaka, werden durch ihre Entscheidungen und die daraus resultierenden Tragödien tiefgründig entwickelt. Der Manga bleibt eng an der Vorlage des Animes, bietet jedoch eine visuell eigenständige Interpretation der Handlung.