"Mobile Suit Gundam UC Bande Dessinée" ist eine Manga-Adaption der "Universal Century"-Zeitleiste der Gundam-Reihe, die auf der Light-Novel-Serie "Mobile Suit Gundam Unicorn" basiert. Die Handlung spielt im Jahr UC 0096, drei Jahre nach dem Ende des Zweiten Neo-Zeon-Kriegs. Der Fokus liegt auf dem Konflikt zwischen der Erde und den Raumkolonien sowie der Suche nach dem mysteriösen "Laplace's Box", einem Artefakt, das das Potenzial hat, die Machtstrukturen der Welt zu verändern.

Der Protagonist, Banagher Links, ist ein junger Schüler, der zufällig in den Konflikt verwickelt wird, als er auf Audrey Burne trifft, eine geheimnisvolle junge Frau, die sich später als Mineva Lao Zabi, die Erbin des ehemaligen Prinzen von Zeon, entpuppt. Banagher wird zum Piloten des RX-0 Unicorn Gundam, einer fortschrittlichen mobilen Waffe, die von der Erde entwickelt wurde, um die Geheimnisse von Laplace's Box zu schützen. Das Unicorn Gundam besitzt ein einzigartiges NT-D-System, das es ihm ermöglicht, seine Leistung zu steigern und sich an die Fähigkeiten des Piloten anzupassen.

Die Handlung folgt Banagher und seinen Verbündeten, darunter die Besatzung des Raumschiffs Nahel Argama, während sie gegen verschiedene Fraktionen kämpfen, darunter die Neo-Zeon-Rebellen unter Führung von Full Frontal, der als Nachfolger von Char Aznable gilt. Die Suche nach Laplace's Box führt zu intensiven Schlachten, politischen Intrigen und moralischen Dilemmata, da sowohl die Erde als auch die Raumkolonien versuchen, die Kontrolle über das Artefakt zu erlangen.

Wichtige Nebenfiguren sind Riddhe Marcenas, ein junger Offizier der Erde, der zwischen Loyalität und persönlichen Überzeugungen schwankt, sowie Marida Cruz, eine Cyber-Newtype-Pilotin, die eine enge Bindung zu Banagher entwickelt. Die Geschichte erforscht Themen wie die Auswirkungen von Krieg, die Suche nach Identität und die Hoffnung auf eine friedliche Koexistenz zwischen Erde und Raumkolonien.

Die Manga-Adaption bleibt der ursprünglichen Handlung der Light Novel treu, bietet jedoch eine visuelle Darstellung der intensiven Kämpfe und emotionalen Momente, die die Serie auszeichnen. Die Charakterentwicklung und die komplexen Beziehungen zwischen den Figuren werden detailliert dargestellt, während die Handlung durch eine Mischung aus Action, Drama und politischer Spannung vorangetrieben wird.