"Puella Magi Madoka Magica: The Movie -Rebellion- (Manga)" ist eine Adaption des gleichnamigen Films und setzt die Handlung der Serie "Puella Magi Madoka Magica" fort. Die Geschichte spielt in einer Welt, in der junge Mädchen Magical Girls werden können, indem sie einen Vertrag mit dem mysteriösen Wesen Kyubey abschließen. Als Gegenleistung erhalten sie magische Kräfte, müssen jedoch gegen Hexen kämpfen, die aus negativen Emotionen entstehen.

Die Handlung beginnt in einer scheinbar idyllischen Welt, in der Madoka Kaname, die Protagonistin der Serie, nie ein Magical Girl geworden ist. Homura Akemi, eine ehemalige Magical Girl, lebt ein friedliches Leben mit ihren Freunden, darunter Madoka, Sayaka Miki und Mami Tomoe. Doch Homura spürt, dass etwas nicht stimmt. Sie erinnert sich an ihre früheren Kämpfe und die Existenz von Kyubey, obwohl dieser in dieser Welt nicht präsent zu sein scheint.

Im Laufe der Geschichte enthüllt sich, dass die Welt, in der sie leben, eine Illusion ist, geschaffen von Homuras eigenen Kräften. Sie befindet sich in einem Labyrinth, das von einer mächtigen Hexe erschaffen wurde. Diese Hexe entpuppt sich als Homura selbst, die sich in einen dämonischen Zustand verwandelt hat, nachdem sie ihre Erinnerungen an ihre früheren Leben und ihre Verbindung zu Madoka zurückgewonnen hat.

Madoka, die inzwischen zu einer göttlichen Figur geworden ist, versucht, Homura zu retten und sie aus ihrer selbstgeschaffenen Hölle zu befreien. Doch Homura weigert sich, gerettet zu werden, und beschließt stattdessen, die Welt nach ihren eigenen Vorstellungen neu zu gestalten. Sie trennt Madoka von ihrer göttlichen Form und erschafft eine neue Realität, in der sie die Kontrolle über die Welt übernimmt. In dieser neuen Welt sind die Rollen vertauscht: Homura ist nun diejenige, die die Welt beschützt, während Madoka ein normales Mädchen ist.

Die Geschichte endet mit einem offenen Ende, das Raum für Spekulationen lässt. Homura hat die Welt verändert, aber die Konsequenzen ihrer Handlungen bleiben unklar. Die Beziehung zwischen Homura und Madoka ist komplex und von tiefer emotionaler Bindung geprägt, was die Handlung antreibt und die Charakterentwicklung vorantreibt. Kyubey, der stets im Hintergrund agiert, bleibt ein rätselhafter und manipulativere Charakter, dessen wahre Absichten weiterhin undurchsichtig sind.