"Certain Magical Index" (Toaru Majutsu no Index) spielt in einer fiktiven Stadt namens Academy City, die für ihre fortgeschrittene Technologie und die Erforschung übernatürlicher Fähigkeiten bekannt ist. Die Handlung dreht sich um den Protagonisten Touma Kamijou, einen Schüler, der über die Fähigkeit "Imagine Breaker" verfügt, die jede übernatürliche Kraft neutralisieren kann, sei es Magie oder Esper-Kräfte. Trotz dieser Fähigkeit wird Touma oft als Pechvogel bezeichnet, da er ständig in Konflikte verwickelt wird.

Die Geschichte beginnt, als Touma auf eine mysteriöse Nonne namens Index trifft, die von einer magischen Organisation verfolgt wird. Index trägt 103.000 verbotene Grimoires in ihrem Gedächtnis, die von großer Macht sind und von vielen gesucht werden. Touma beschließt, sie zu beschützen, und gerät dadurch in eine Welt voller Magie, Wissenschaft und komplexer Machtkämpfe. Im Laufe der Serie wird die Beziehung zwischen Magie und Wissenschaft weiter erforscht, wobei beide Seiten oft in Konflikt miteinander stehen.

Neben Touma und Index spielen weitere Charaktere eine wichtige Rolle. Mikoto Misaka, ein Esper der dritthöchsten Stufe, ist eine der bekanntesten Figuren der Serie. Sie verfügt über die Fähigkeit, Elektrizität zu kontrollieren, und hat eine komplexe Beziehung zu Touma. Ihre Geschichte wird in den Spin-off-Serien "A Certain Scientific Railgun" und "A Certain Scientific Accelerator" weiter vertieft. Accelerator, ein weiterer wichtiger Charakter, ist der stärkste Esper in Academy City und durchläuft im Verlauf der Serie eine bedeutende Entwicklung.

Die Handlung von "Certain Magical Index" ist in mehrere Bögen unterteilt, die sich mit verschiedenen Konflikten und Bedrohungen befassen. Dazu gehören Auseinandersetzungen mit magischen Organisationen wie die Kirche der notwendigen Übel, wissenschaftliche Experimente, die ethische Grenzen überschreiten, und die Erforschung der Grenzen zwischen Magie und Wissenschaft. Die Serie verbindet Action, Mystery und Science-Fiction-Elemente, während sie gleichzeitig philosophische Fragen über Glauben, Moral und die Natur der Macht aufwirft.

Die Welt von "Certain Magical Index" ist durch eine detaillierte Mythologie und ein komplexes Regelsystem geprägt, das sowohl magische als auch wissenschaftliche Aspekte umfasst. Die Serie zeichnet sich durch ihre vielschichtigen Charaktere, ihre weitreichenden Handlungsstränge und ihre Fähigkeit aus, verschiedene Genres miteinander zu verbinden.