"Mobile Suit Gundam: Char's Counterattack (Manga)" ist eine Adaption des gleichnamigen Anime-Films und spielt im Universal Century-Zeitalter der Gundam-Reihe. Die Handlung setzt im Jahr 0093 ein, etwa 14 Jahre nach den Ereignissen des One Year War. Der ehemalige Zeon-Pilot Char Aznable, der nun unter dem Namen Quattro Bajeena bekannt ist, kehrt als Anführer der Neo-Zeon-Bewegung zurück. Sein Ziel ist es, die Erde zu säubern, indem er den Planeten unbewohnbar macht und die Menschheit dazu zwingt, ins All zu migrieren. Dazu plant er, den Asteroiden Axis auf die Erde stürzen zu lassen.

Auf der anderen Seite steht Amuro Ray, der Protagonist aus dem ursprünglichen "Mobile Suit Gundam", der nun als Pilot für die Earth Federation arbeitet. Amuro und Char, die einst Verbündete und später Rivalen waren, stehen sich erneut gegenüber. Ihre Konflikte sind sowohl persönlicher als auch ideologischer Natur, da sie unterschiedliche Visionen für die Zukunft der Menschheit vertreten. Während Char die Erde als korrupt und zerstörerisch ansieht, glaubt Amuro, dass die Menschheit in der Lage ist, sich zu ändern und auf der Erde zu überleben.

Die Handlung konzentriert sich auf die Vorbereitungen und den finalen Konflikt zwischen den Streitkräften der Earth Federation und Neo-Zeon. Char setzt seine Pläne in die Tat um, indem er Axis in Richtung Erde lenkt. Die Federation versucht, dies zu verhindern, und es kommt zu einer Reihe von intensiven Raumschlachten. Während des Konflikts spielen auch andere Charaktere eine wichtige Rolle, darunter Chan Agi, eine junge Offizierin der Federation, die eine enge Beziehung zu Amuro entwickelt, und Quess Paraya, eine junge Frau, die sich Char anschließt und von seiner Vision beeinflusst wird.

Der Höhepunkt der Geschichte ist die Schlacht um Axis, bei der Amuro und Char in einem finalen Duell aufeinandertreffen. Ihre Auseinandersetzung endet in einer dramatischen Konfrontation, die sowohl ihre persönliche Rivalität als auch die größeren ideologischen Konflikte der Serie aufgreift. Die Handlung thematisiert dabei Fragen von Verantwortung, Fortschritt und den Preis des Friedens.

Der Manga bleibt eng an der Vorlage des Anime-Films, vertieft jedoch einige Charaktere und Handlungsstränge, was eine zusätzliche Ebene der Komplexität bietet. Die Geschichte bleibt ein zentraler Bestandteil der Gundam-Chronologie und dient als Abschluss der langjährigen Rivalität zwischen Amuro und Char.