"Medaka Box" ist eine Manga-Serie, die von Nisio Isin geschrieben und von Akira Akatsuki illustriert wurde. Die Handlung spielt in der Hakoniwa Academy, einer Schule, die von der charismatischen und übermenschlich begabten Medaka Kurokami geleitet wird. Medaka, die jüngste Schülerin, die jemals zur Schülerratspräsidentin gewählt wurde, gründet den sogenannten "Medaka Box", einen Briefkasten, in dem Schüler ihre Probleme und Wünsche einwerfen können. Zusammen mit ihrem Kindheitsfreund Zenkichi Hitoyoshi und später weiteren Mitgliedern des Schülerrats nimmt sie sich dieser Anliegen an und löst die Probleme der Schüler auf oft unkonventionelle und übertriebene Weise.

Die Serie beginnt als eine Art Schulkomödie mit übernatürlichen Elementen, in der Medaka und Zenkichi verschiedene Aufgaben bewältigen, die von trivialen Streitereien bis hin zu komplexen zwischenmenschlichen Konflikten reichen. Medakas überragende Fähigkeiten, die sie in nahezu jeder Disziplin zur Besten machen, werden dabei immer wieder betont. Zenkichi, der im Vergleich zu Medaka eher durchschnittlich ist, fungiert oft als Gegenpol und bringt eine menschliche Perspektive in die oft surrealen Situationen ein.

Im weiteren Verlauf der Serie entwickelt sich die Handlung jedoch zu einem actionlastigen Kampfmanga mit übernatürlichen Kräften und komplexen Machtkämpfen. Es wird enthüllt, dass Medaka Teil eines geheimen Experiments ist, das darauf abzielt, "abnormale" Individuen zu schaffen, die übermenschliche Fähigkeiten besitzen. Diese Wendung führt dazu, dass Medaka und ihre Freunde in Konflikte mit anderen "Abnormals" geraten, darunter auch Mitglieder des mysteriösen "Flaschengeist"-Clubs, einer Gruppe von Schülern, die über besondere Kräfte verfügen und oft gegen den Schülerrat antreten.

Zu den zentralen Charakteren gehören neben Medaka und Zenkichi auch Akune Kouki, ein ehemaliger Rivale, der sich dem Schülerrat anschließt, und Kikaijima Mogana, eine Schülerin mit einer Vorliebe für Waffen. Später gesellen sich weitere Charaktere wie die mysteriöse Najimi Ajimu hinzu, die eine Schlüsselrolle in der Hintergrundgeschichte der Serie spielt. Die Beziehungen zwischen den Charakteren sind oft komplex, wobei Themen wie Freundschaft, Rivalität und die Natur von Stärke und Schwäche im Mittelpunkt stehen.

Die Handlung wird zunehmend von philosophischen und metafiktionalen Elementen durchdrungen, insbesondere durch die Einführung von Konzepten wie "Minus"-Individuen, die das Gegenteil von "Abnormals" darstellen, und durch die Auseinandersetzung mit der Natur von Fiktion und Realität. Die Serie endet mit einem epischen Finale, in dem Medaka und ihre Freunde gegen die ultimativen Gegner antreten, um die Zukunft der Hakoniwa Academy und der Welt zu sichern.