"Milk Doll" ist eine Manga-Serie, die eine düstere und psychologische Geschichte erzählt. Die Handlung dreht sich um eine junge Frau namens Aoi, die in einer dystopischen Welt lebt, in der Menschen als "Milchpuppen" bezeichnet werden. Diese Milchpuppen sind Individuen, die durch genetische Manipulation und Konditionierung zu gehorsamen, emotionslosen Wesen gemacht wurden, die von der herrschenden Elite kontrolliert werden. Aoi selbst ist eine Milchpuppe, die jedoch beginnt, ihre Identität und ihre Erinnerungen infrage zu stellen, als sie auf einen mysteriösen Mann namens Kaito trifft.

Kaito ist ein Rebell, der gegen das System kämpft und versucht, die Wahrheit über die Milchpuppen und die Gesellschaft, die sie geschaffen hat, aufzudecken. Durch seine Begegnung mit Aoi wird sie langsam aus ihrer programmierten Gleichgültigkeit gerissen und beginnt, Emotionen und Erinnerungen an ein früheres Leben wiederzuentdecken. Die Beziehung zwischen Aoi und Kaito entwickelt sich im Laufe der Geschichte, wobei Aoi zwischen ihrer programmierten Loyalität gegenüber dem System und ihrem aufkeimenden Widerstand gegen die Unterdrückung hin- und hergerissen ist.

Die Serie thematisiert Fragen der Identität, Freiheit und Menschlichkeit in einer Welt, in der Individualität unterdrückt wird. Die Handlung ist geprägt von politischen Intrigen, moralischen Dilemmata und den psychologischen Auswirkungen der Kontrolle und Manipulation. Neben Aoi und Kaito gibt es weitere Schlüsselcharaktere, darunter Mitglieder der Widerstandsbewegung sowie Vertreter der herrschenden Elite, die ihre eigenen Motive und Geheimnisse haben. Die Geschichte entwickelt sich zu einem komplexen Geflecht aus Vertrauen, Verrat und der Suche nach Wahrheit in einer Welt, die auf Lügen aufgebaut ist.