"RahXephon (Manga)" ist eine Adaption der gleichnamigen Anime-Serie und erzählt eine komplexe Geschichte, die Science-Fiction, Mystik und persönliche Beziehungen miteinander verbindet. Die Handlung spielt in einer Welt, die von einer mysteriösen Bedrohung namens Mu heimgesucht wird, einer antiken Zivilisation, die aus einer parallelen Dimension stammt. Die Mu greifen die Menschheit mit riesigen mechanischen Wesen, den Dolem, an. Die Erde wird durch eine Barriere namens Tokyo Jupiter von der Außenwelt abgeschirmt, wodurch die Zeit innerhalb der Barriere langsamer verläuft als außerhalb.

Der Protagonist Ayato Kamina lebt in Tokyo Jupiter und führt ein scheinbar normales Leben, bis er auf eine geheimnisvolle Frau namens Haruka Shitow trifft. Sie enthüllt ihm, dass die Welt, die er kennt, eine Illusion ist und dass er in einer abgeschotteten Realität lebt. Ayato entdeckt, dass er der Pilot eines mächtigen Wesens namens RahXephon ist, das die einzige Waffe gegen die Mu darstellt. Als er aus Tokyo Jupiter entkommt, erfährt er, dass die Welt außerhalb völlig anders ist und dass die Menschheit seit Jahren gegen die Mu kämpft.

Ayato wird in die Organisation TERRA aufgenommen, die gegen die Mu kämpft, und muss sich mit seiner neuen Rolle als Pilot des RahXephon auseinandersetzen. Dabei wird er mit Fragen nach Identität, Loyalität und der Natur der Realität konfrontiert. Seine Beziehung zu Haruka und anderen Schlüsselcharakteren wie Quon Kisaragi, einer rätselhaften jungen Frau mit Verbindungen zum RahXephon, und Elvy Hadhiyat, einer erfahrenen Pilotin, spielt eine zentrale Rolle in der Handlung. Quon scheint tief mit den Geheimnissen des RahXephon und der Mu verbunden zu sein, während Elvy Ayato unterstützt und gleichzeitig ihre eigenen inneren Konflikte bewältigt.

Die Handlung entwickelt sich zu einer epischen Erzählung, in der Ayato nicht nur gegen die Mu kämpft, sondern auch die Wahrheit über seine eigene Existenz und die Rolle des RahXephon in der Schicksalsbestimmung der Welt enthüllt. Themen wie Zeit, Liebe und die Suche nach der eigenen Identität werden durch die komplexen Beziehungen und die mystischen Elemente der Geschichte erforscht. Der Manga behält dabei den dichten, mehrschichtigen Erzählstil der Anime-Vorlage bei und bietet eine tiefgründige, oft philosophische Auseinandersetzung mit den zentralen Konflikten und Charakteren.