"Mahōka Kōkō no Rettōsei: Nyūgaku-hen (Manga)" ist eine Adaption des gleichnamigen Light Novels und spielt in einer Welt, in der Magie eine wissenschaftlich erforschte und systematisch anwendbare Technologie darstellt. Die Handlung konzentriert sich auf die Geschwister Tatsuya und Miyuki Shiba, die an der First High School, einer Elite-Magier-Akademie, eingeschrieben sind. Die Schule ist in zwei Gruppen unterteilt: die "Blooms", Schüler mit herausragenden magischen Fähigkeiten, und die "Weeds", Schüler mit geringeren magischen Fähigkeiten. Tatsuya wird trotz seiner außergewöhnlichen technischen Fähigkeiten und seines strategischen Denkens als Weed eingestuft, während Miyuki aufgrund ihrer überragenden magischen Begabung zu den Blooms gehört.

Die Geschichte beginnt mit dem Eintritt der Geschwister in die Schule und zeigt, wie sie sich in diesem hierarchischen System zurechtfinden. Tatsuya, der oft unterschätzt wird, beweist immer wieder seine Fähigkeiten, insbesondere in Konflikten und Wettbewerben. Miyuki hingegen wird aufgrund ihrer Stärke und ihres Charismas schnell zu einer respektierten Figur unter ihren Mitschülern. Im Laufe der Handlung werden verschiedene Herausforderungen und Konflikte dargestellt, darunter schulinterne Wettbewerbe, politische Intrigen und die Bedrohung durch terroristische Gruppen, die gegen das magische Establishment kämpfen.

Ein zentrales Element der Handlung ist die Beziehung zwischen Tatsuya und Miyuki, die von tiefer Loyalität und Zuneigung geprägt ist. Tatsuya fungiert oft als Beschützer seiner Schwester, während Miyuki ihrerseits großen Respekt und Bewunderung für ihren Bruder zeigt. Neben den Geschwistern spielen weitere Charaktere eine wichtige Rolle, darunter Klassenkameraden wie Erika Chiba, Leonhard Saijou und Mizuki Shibata, die jeweils ihre eigenen Fähigkeiten und Hintergründe einbringen.

Die Handlung kombiniert Elemente des Schullebens, magischer Kämpfe und politischer Spannung, wobei die Welt der Magie detailliert und systematisch dargestellt wird. Die Charaktere entwickeln sich im Laufe der Geschichte weiter, und ihre Interaktionen sowie die Konflikte, in die sie verwickelt sind, tragen zur Komplexität der Erzählung bei.