"Napping Princess (Manga)" erzählt die Geschichte von Kokone Morikawa, einem Teenager, der in einer kleinen japanischen Stadt lebt. Kokone hat immer wieder lebhafte Träume, in denen sie eine Prinzessin namens Ancien in einer fantastischen Welt namens Heartland ist. In diesen Träumen kämpft sie gegen einen tyrannischen König, der die Kontrolle über die magischen Maschinen des Königreichs an sich gerissen hat. Diese Träume scheinen jedoch mehr als nur Fantasie zu sein, da sie Parallelen zur realen Welt aufweisen.

In der realen Welt arbeitet Kokones Vater, Morio, als Automechaniker und ist in die Entwicklung eines fortschrittlichen autonomen Fahrzeugs involviert. Als Morio plötzlich verhaftet wird, entdeckt Kokone, dass ihre Träume eng mit der Vergangenheit ihres Vaters und einem geheimnisvollen Projekt verbunden sind, das sowohl die reale als auch die Traumwelt beeinflusst. Zusammen mit ihrem Freund Morio und einem mysteriösen jungen Mann namens Watanabe begibt sich Kokone auf eine Reise, um die Wahrheit hinter den Träumen, der Technologie und der Verbindung zwischen Heartland und der realen Welt aufzudecken.

Die Handlung wechselt zwischen der realen Welt und der Traumwelt Heartland, wobei die Grenzen zwischen beiden zunehmend verschwimmen. Kokone muss nicht nur die Geheimnisse ihrer Familie lüften, sondern auch die Bedrohung durch eine mächtige Organisation abwehren, die die Kontrolle über die Technologie anstrebt. Die Geschichte verbindet Elemente von Science-Fiction, Fantasy und Familiendrama, wobei die Charaktere mit Themen wie Erinnerung, Technologie und den Auswirkungen der Vergangenheit auf die Gegenwart konfrontiert werden.

Die Hauptfiguren sind Kokone, eine entschlossene und neugierige Protagonistin, die sowohl in der realen als auch in der Traumwelt eine zentrale Rolle spielt; Morio, ihr Vater, dessen Vergangenheit und Arbeit den Kern der Handlung bilden; und Watanabe, ein rätselhafter junger Mann, der Kokone auf ihrer Reise begleitet und seine eigenen Geheimnisse hat. Die Interaktionen und Entwicklungen dieser Charaktere treiben die Handlung voran und enthüllen nach und nach die komplexen Zusammenhänge zwischen den beiden Welten.