"Otome Yōkai Zakuro" spielt in einer alternativen Version des Japans während der Meiji-Zeit, in der Menschen und Yōkai (übernatürliche Wesen) nebeneinander existieren. Die Regierung hat eine Abteilung gegründet, die sich mit Angelegenheiten zwischen Menschen und Yōkai befasst. Diese Abteilung, bekannt als das Ministerium für Spirituelle Angelegenheiten, besteht aus menschlichen Offizieren und halb-Yōkai-Mädchen, die als Vermittler zwischen den beiden Welten fungieren.

Die Handlung konzentriert sich auf die Zusammenarbeit zwischen den menschlichen Offizieren Kei Agemaki, Riken Yoshinokazura, Ganryu Hanakiri und den halb-Yōkai-Mädchen Zakuro, Susukihotaru, Bonbori und Hoozuki. Zakuro, die Anführerin der Gruppe, ist eine halb-Yōkai mit übernatürlichen Kräften, die von ihrer Mutter, einer Fuchs-Yōkai, geerbt wurden. Sie ist stolz und temperamentvoll, aber auch tief mitfühlend. Susukihotaru, eine halb-Licht-Yōkai, ist sanft und fürsorglich, während Bonbori und Hoozuki, beide halb-Schnecken-Yōkai, oft für komische Momente sorgen.

Die Serie erkundet die Beziehungen und Konflikte zwischen Menschen und Yōkai, wobei die Charaktere verschiedene Fälle lösen, die oft mit Missverständnissen oder Feindseligkeiten zwischen den beiden Gruppen zusammenhängen. Dabei werden Themen wie Vorurteile, Akzeptanz und die Suche nach Harmonie behandelt. Die menschlichen Offiziere müssen lernen, mit den halb-Yōkai-Mädchen zusammenzuarbeiten, während diese ihr eigenes Erbe und ihre Identität zwischen den Welten navigieren.

Im Laufe der Geschichte werden die Hintergründe der Charaktere und ihre persönlichen Herausforderungen vertieft. Zakuro und Agemaki entwickeln eine enge Bindung, die über ihre professionelle Zusammenarbeit hinausgeht, während auch die anderen Charaktere ihre eigenen Entwicklungsbögen durchlaufen. Die Serie verbindet übernatürliche Elemente, historische Bezüge und emotionale Tiefe, um eine vielschichtige Erzählung zu schaffen, die sowohl spannend als auch nachdenklich stimmt.