Die OVA "Magic Woman M" erzählt die Geschichte von Maki Ichijo, einer jungen Frau, die in einer Welt voller Magie und Geheimnisse lebt. Maki ist eine talentierte Zauberin, die in einem kleinen Dorf aufwächst und von ihrer Großmutter in den Künsten der Magie unterrichtet wird. Eines Tages wird sie von einer mysteriösen Organisation namens "Schattenkreis" entführt, die ihre magischen Fähigkeiten für dunkle Zwecke nutzen will. Der Schattenkreis wird von einem mächtigen Magier namens Dr. Faust angeführt, der nach einem uralten Artefakt sucht, das unvorstellbare Macht verleihen kann.

Maki gelingt die Flucht aus der Gefangenschaft, doch sie wird von den Agenten des Schattenkreises verfolgt. Auf ihrer Flucht trifft sie auf den geheimnisvollen Kämpfer Ryu, der ebenfalls gegen den Schattenkreis kämpft. Ryu wird zu ihrem Verbündeten und beschützt sie auf ihrer Reise. Gemeinsam versuchen sie, das Artefakt zu finden, bevor es in die Hände von Dr. Faust fällt. Dabei müssen sie sich zahlreichen Herausforderungen stellen, darunter gefährliche Kreaturen, Fallen und andere Magier, die ebenfalls nach dem Artefakt streben.

Im Laufe der Geschichte enthüllt sich, dass Maki eine besondere Verbindung zu dem Artefakt hat, da ihre magischen Kräfte von diesem stammen. Dies macht sie zur Schlüsselfigur im Kampf gegen den Schattenkreis. Die Handlung entwickelt sich zu einem Wettlauf gegen die Zeit, in dem Maki und Ryu nicht nur ihre eigenen Fähigkeiten, sondern auch ihr Vertrauen zueinander auf die Probe stellen müssen. Die OVA endet mit einem dramatischen Finale, in dem Maki ihre volle magische Kraft entfaltet, um den Schattenkreis zu besiegen und die Welt vor der drohenden Gefahr zu retten.