"High School Mystery: Gakuen Nanafushigi" ist eine Anime-Serie, die in einer Highschool spielt, die von mysteriösen und übernatürlichen Phänomenen heimgesucht wird. Die Geschichte dreht sich um eine Gruppe von Schülern, die sich zusammentun, um die sieben Rätsel der Schule zu lösen, die als "Gakuen Nanafushigi" bekannt sind. Diese Rätsel sind mit unerklärlichen Ereignissen verbunden, die sowohl die Schüler als auch das Schulpersonal in Angst und Schrecken versetzen.

Die Hauptfigur ist Ayumi, eine neugierige und mutige Schülerin, die sich für die mysteriösen Vorkommnisse interessiert. Zusammen mit ihren Freunden, darunter der skeptische Hiroshi und die ängstliche Yuka, beginnt sie, die Rätsel zu untersuchen. Jedes der sieben Rätsel stellt eine eigene Herausforderung dar und führt die Gruppe in verschiedene Teile der Schule, von verlassenen Klassenzimmern bis hin zu verbotenen Bereichen, die von Gerüchten und Legenden umwoben sind.

Im Laufe der Serie decken die Schüler nach und nach die Wahrheit hinter den Rätseln auf, die oft mit tragischen Ereignissen aus der Vergangenheit der Schule verbunden sind. Dabei stoßen sie auf Geister, unerklärliche Phänomene und sogar gefährliche Situationen, die ihr Leben bedrohen. Die Charaktere entwickeln sich im Verlauf der Serie weiter, wobei ihre Beziehungen zueinander und ihre individuellen Ängste und Stärken eine zentrale Rolle spielen.

Die Handlung ist episodisch aufgebaut, wobei jede Episode oder jeder Handlungsbogen einem der sieben Rätsel gewidmet ist. Dennoch gibt es eine übergeordnete Handlung, die die einzelnen Rätsel miteinander verbindet und auf ein größeres Geheimnis hindeutet, das die gesamte Schule betrifft. Die Serie kombiniert Elemente des Mystery-Genres mit übernatürlichen und dramatischen Momenten, wodurch eine spannende und atmosphärische Erzählung entsteht.