"Azure Striker Gunvolt" spielt in einer dystopischen Zukunft, in der eine mächtige Organisation namens Sumeragi Group die Welt kontrolliert. Diese Gruppe hat eine Eliteeinheit von Adepten geschaffen, Menschen mit übernatürlichen Fähigkeiten, die als Waffen eingesetzt werden. Der Protagonist, Gunvolt, ist ein Adept mit der Fähigkeit, elektrische Energie zu manipulieren. Er ist Mitglied einer Widerstandsgruppe namens QUILL, die gegen die Unterdrückung durch Sumeragi kämpft.

Gunvolt wird mit der Mission betraut, die Sumeragi Group zu sabotieren und ihre Pläne zu vereiteln. Dabei trifft er auf verschiedene Gegner, darunter andere Adepten, die von Sumeragi kontrolliert werden. Einer der zentralen Charaktere ist Joule, ein Mädchen mit der Fähigkeit, Lieder zu singen, die Gunvolts Kräfte verstärken. Ihre Beziehung entwickelt sich im Laufe der Geschichte und spielt eine wichtige Rolle in Gunvolts Kampf gegen Sumeragi.

Ein weiterer wichtiger Charakter ist Copen, ein ehemaliger Sumeragi-Agent, der ebenfalls über technologisch verbesserte Fähigkeiten verfügt. Copen hat eine persönliche Vendetta gegen Adepten und wird zu einem Rivalen für Gunvolt. Die Handlung wird durch die Konflikte zwischen diesen Charakteren vorangetrieben, während sie sich mit den moralischen Fragen auseinandersetzen, die sich aus der Existenz von Adepten und ihrer Nutzung als Waffen ergeben.

Die Geschichte thematisiert Macht, Kontrolle und die Konsequenzen von wissenschaftlichem Fortschritt. Sumeragi versucht, die Welt durch die Kontrolle der Adepten zu dominieren, während Gunvolt und QUILL für Freiheit und Gerechtigkeit kämpfen. Die Handlung ist geprägt von intensiven Kämpfen, strategischen Manövern und emotionalen Momenten, die die Beziehungen zwischen den Charakteren vertiefen.