"Le Deus" (OVA) handelt von einer dystopischen Zukunft, in der die Menschheit durch eine mysteriöse Katastrophe an den Rand des Aussterbens gebracht wurde. Die Überlebenden leben in einer streng hierarchischen Gesellschaft, die von einer mächtigen Organisation namens "Elysium" kontrolliert wird. Diese Organisation behauptet, die letzte Hoffnung der Menschheit zu sein, doch ihre wahren Absichten sind undurchsichtig. Im Zentrum der Handlung steht ein junger Protagonist namens Kael, der in den untersten Schichten der Gesellschaft aufwächst und sich gegen das System auflehnt.

Kael stößt auf ein altes Artefakt, das als "Le Deus" bekannt ist und angeblich die Macht besitzt, die Welt zu verändern. Dieses Artefakt zieht die Aufmerksamkeit von Elysium auf sich, das alles daran setzt, es in seinen Besitz zu bringen. Kael schließt sich einer Gruppe von Rebellen an, die gegen Elysium kämpfen, darunter die charismatische Anführerin Lira und der technisch begabte Taro. Gemeinsam versuchen sie, die Geheimnisse von Le Deus zu entschlüsseln und die wahre Natur der Katastrophe aufzudecken, die die Welt zerstört hat.

Im Verlauf der Handlung wird deutlich, dass Le Deus nicht nur ein Werkzeug der Macht ist, sondern auch eine Verbindung zu einer alten Zivilisation besitzt, die vor langer Zeit untergegangen ist. Die Rebellen müssen sich nicht nur gegen die übermächtigen Streitkräfte von Elysium behaupten, sondern auch gegen innere Konflikte und moralische Dilemmata. Die OVA endet mit einem offenen Finale, das Raum für Spekulationen über die Zukunft der Charaktere und die Rolle von Le Deus lässt.