"Magical Chocolate" (OVA) erzählt die Geschichte von Yui, einer jungen Schülerin, die eines Tages auf mysteriöse Weise in den Besitz einer magischen Schokolade gelangt. Diese Schokolade verleiht ihr die Fähigkeit, die Gedanken und Wünsche anderer Menschen zu lesen, wenn sie ihnen ein Stück davon gibt. Yui nutzt diese Fähigkeit zunächst, um ihren Alltag zu erleichtern und ihren Freunden zu helfen. Doch bald stellt sie fest, dass die Schokolade nicht nur positive, sondern auch unerwartete Konsequenzen hat.

Die Handlung entwickelt sich um Yuis Versuche, die Schokolade verantwortungsbewusst einzusetzen, während sie gleichzeitig die Geheimnisse hinter ihrer Herkunft aufdeckt. Dabei trifft sie auf verschiedene Charaktere, darunter ihren Freund Kenta, der von ihrer neuen Fähigkeit zunächst nichts ahnt, und die mysteriöse Chocolatierin, die die magische Schokolade hergestellt hat. Die OVA beleuchtet die Beziehungen zwischen den Charakteren und die moralischen Dilemmata, die sich aus der Nutzung übernatürlicher Kräfte ergeben.

Die Geschichte ist geprägt von humorvollen Momenten, aber auch von ernsteren Themen wie Vertrauen, Verantwortung und den Grenzen zwischen Gut und Böse. Yui muss lernen, mit den Konsequenzen ihrer Handlungen umzugehen und die Balance zwischen ihrem eigenen Wohl und dem ihrer Mitmenschen zu finden. Die OVA endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt und die Zuschauer über die wahren Absichten der Chocolatierin und die Zukunft von Yuis Fähigkeiten nachdenken lässt.