"Matoi the Sacred Slayer" (OVA) spielt in der fiktiven Stadt Tenman, die von mysteriösen Ereignissen heimgesucht wird, die durch böse Geister, sogenannte "Aragami", verursacht werden. Die Protagonistin, Matoi Sumeragi, ist ein gewöhnliches Schulmädchen, das ein ruhiges Leben führt, bis sie eines Tages von einer Gottheit namens Yuto Tōgoku auserwählt wird. Yuto ist ein "Kannushi", ein Priester, der die Aufgabe hat, die Welt vor den Aragami zu schützen. Matoi erhält die Fähigkeit, sich in eine Kriegerin namens "Matoi the Sacred Slayer" zu verwandeln, um gegen die Aragami zu kämpfen.

Die Handlung konzentriert sich auf Matois Entwicklung von einer unsicheren Jugendlichen zu einer entschlossenen Kämpferin. Zusammen mit Yuto und ihrer Freundin, Claris Tonitolus, die ebenfalls eine Kämpferin wird, stellt sich Matoi den Aragami, die oft menschliche Emotionen wie Hass, Neid oder Trauer ausnutzen, um Chaos zu verbreiten. Die Aragami manifestieren sich in der realen Welt und bedrohen das Gleichgewicht zwischen der menschlichen und der spirituellen Sphäre.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass die Aragami nicht nur zufällige Bedrohungen sind, sondern oft mit den persönlichen Konflikten und emotionalen Schwächen der Charaktere verbunden sind. Matoi muss nicht nur gegen die äußeren Feinde kämpfen, sondern auch ihre eigenen inneren Ängste und Unsicherheiten überwinden. Die Beziehung zwischen Matoi, Yuto und Claris spielt eine zentrale Rolle, da sie gemeinsam lernen, ihre Kräfte zu nutzen und sich gegenseitig zu unterstützen.

Die OVA vertieft die Charakterentwicklung und bietet zusätzliche Einblicke in die Hintergründe der Hauptfiguren, insbesondere in die Vergangenheit von Yuto und seine Verbindung zu den Aragami. Es werden auch neue Bedrohungen eingeführt, die das Team vor noch größere Herausforderungen stellen. Die Handlung bleibt eng mit den Themen Verantwortung, Freundschaft und Selbstfindung verbunden, während die Charaktere weiterhin gegen die dunklen Kräfte kämpfen, die ihre Welt bedrohen.