"Welcome to Japan, Ms. Elf!" erzählt die Geschichte von Shouta Kazuhiro, einem jungen Mann, der in seinem Alltag als Büroangestellter in Japan lebt. Nachts jedoch erlebt er eine andere Realität, in der er in einer fantastischen Welt voller Magie und Abenteuer existiert. In dieser Traumwelt trifft er auf Marie, eine Elfe, die seine Begleiterin und enge Vertraute wird. Die beiden erkunden gemeinsam die mysteriöse Welt, kämpfen gegen Monster und entdecken verborgene Schätze.

Eines Tages erwacht Shouta jedoch in der realen Welt und stellt fest, dass Marie ebenfalls mit ihm nach Japan gereist ist. Die Elfe, die nun in der modernen Welt lebt, muss sich an die ungewohnte Umgebung anpassen. Die Serie zeigt, wie Marie die japanische Kultur, Technologie und den Alltag entdeckt, während Shouta versucht, ihr bei der Integration zu helfen. Gleichzeitig kehren die beiden immer wieder in die Traumwelt zurück, um ihre Abenteuer fortzusetzen und die Geheimnisse dieser Welt zu ergründen.

Die Handlung wechselt zwischen den beiden Welten und verbindet Elemente des Fantasy-Genres mit Slice-of-Life-Momenten. Die Dynamik zwischen Shouta und Marie steht im Mittelpunkt, wobei ihre Beziehung sowohl in der realen als auch in der fantastischen Welt weiterentwickelt wird. Die Serie thematisiert Themen wie Anpassung, Freundschaft und die Verbindung zwischen unterschiedlichen Welten, während sie sowohl humorvolle als auch nachdenkliche Szenen bietet.