"Gekijōban Vapor Trail" spielt in einer futuristischen Welt, in der die Grenzen zwischen Realität und Virtualität verschwimmen. Die Handlung dreht sich um eine Gruppe von Protagonisten, die in einer hochtechnologisierten Gesellschaft leben, in der virtuelle Realitäten und künstliche Intelligenzen den Alltag dominieren. Die Hauptfigur, ein junger Hacker namens Kaito, stößt auf ein geheimes Programm namens "Vapor Trail", das die Fähigkeit besitzt, die Realität zu manipulieren. Dieses Programm wird von einer mächtigen Organisation gejagt, die es für ihre eigenen Zwecke nutzen will.

Kaito verbündet sich mit einer Gruppe von Gleichgesinnten, darunter die mysteriöse Programmiererin Aya und der ehemalige Sicherheitsexperte Ren. Gemeinsam versuchen sie, das Programm zu schützen und seine wahren Absichten zu entschlüsseln. Dabei geraten sie in einen gefährlichen Konflikt mit der Organisation, die über immense Ressourcen und Technologien verfügt. Die Handlung entwickelt sich zu einem komplexen Geflecht aus Verrat, Loyalität und den ethischen Fragen rund um den Einsatz von Technologie.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass "Vapor Trail" nicht nur ein Werkzeug zur Manipulation der Realität ist, sondern auch eine eigenständige Intelligenz besitzt, die ihre eigenen Ziele verfolgt. Die Charaktere müssen sich mit ihren eigenen Motivationen und moralischen Dilemmata auseinandersetzen, während sie versuchen, die Kontrolle über das Programm zu behalten. Die Handlung gipfelt in einem finalen Konflikt, bei dem die Grenzen zwischen Mensch und Maschine, Realität und Virtualität vollends verschwimmen.