"Alps no Rōjin Heidi no Ojii-san" erzählt die Geschichte des Waisenmädchens Heidi, das zu ihrem Großvater in die Schweizer Alpen gebracht wird. Der Großvater, ein zurückgezogen lebender Mann, ist zunächst abweisend, entwickelt jedoch im Laufe der Zeit eine enge Bindung zu Heidi. Das Mädchen findet Freude an der Natur und schließt Freundschaft mit dem Hirtenjungen Peter, der die Ziegen des Dorfes hütet. Gemeinsam erkunden sie die Berge und erleben zahlreiche Abenteuer.

Heidis unbeschwertes Leben in den Alpen wird jedoch unterbrochen, als sie nach Frankfurt geschickt wird, um der gehbehinderten Klara, der Tochter einer wohlhabenden Familie, Gesellschaft zu leisten. In der Stadt fühlt sich Heidi fremd und sehnt sich nach ihrem Leben in den Bergen. Die strenge Gouvernante Fräulein Rottenmeier macht es Heidi schwer, sich anzupassen. Trotz der Freundschaft zu Klara leidet Heidi unter Heimweh und wird krank. Schließlich kehrt sie in die Alpen zurück, wo sie sich erholt und wieder glücklich wird. Klara besucht Heidi später in den Bergen, und die frische Luft sowie die freundliche Umgebung helfen ihr, ihre Gesundheit zu verbessern.

Die Serie thematisiert die Bedeutung von Familie, Freundschaft und der Verbundenheit zur Natur. Heidi verkörpert Unschuld und Lebensfreude, während ihr Großvater und Peter unterschiedliche Facetten von Einsamkeit und Zugehörigkeit darstellen. Klaras Entwicklung zeigt, wie die Kraft der Natur und menschliche Zuwendung Heilung bewirken können. Die Handlung ist geprägt von emotionalen Momenten und einer einfachen, aber tiefgründigen Erzählweise, die sowohl Kinder als auch Erwachsene anspricht.