Die Geschichte setzt ein Jahr nach den Ereignissen des ersten Films ein und folgt dem Jungen Lubicchi, der immer noch um seinen Freund Poupelle trauert, den aus Müll gefertigten Mann, der verschwand, nachdem er dabei half, die Sterne zurück an den Himmel über Chimney Town zu bringen. Während Lubicchi versucht, mit diesem anhaltenden Verlustgefühlen umzugehen, wird er in ein neues Abenteuer gezogen, als eine Maus ein geschätztes Armband von Poupelle stiehlt. Auf der Verfolgungsjagd fällt er in einen Brunnen und wird magisch in ein seltsames und surreales Reich namens die Millennium-Festung transportiert.

In dieser geheimnisvollen Welt ist die Zeit selbst in Unordnung geraten, und in ihrem Zentrum steht ein Uhrturm, dessen Zeiger für immer auf 11:59 stehen bleiben. Die Stadt ist durch Konflikte gespalten, wobei einige den bewegungslosen Turm schützen wollen und andere hoffen, ihn zu reparieren. Lubicchi erfährt, dass er, um den Weg nach Hause zu finden, eine schwierige Aufgabe erfüllen muss, die von einer Königin namens Nezumi angeordnet wurde: die große Uhr wieder in Gang setzen. Seine Reise wird von einer mürrischen Katze geleitet, die er Mofu nennt und die zu seinem neuen Begleiter wird.

In diesem Land, in dem die Zeit stillsteht, trifft Lubicchi auf Gus, einen alten Uhrmacher, der über hundert Jahre lang treu auf ein Versprechen gewartet und daran geglaubt hat. Die Geschichte konzentriert sich auch auf Nagi, eine Pflanze, die in ein menschliches Mädchen mit einer wunderschönen Singstimme verwandelt wurde und deren Existenz tief mit dem lang gehegten Versprechen des Uhrmachers verbunden ist. Während Lubicchi diesen neuen Freunden hilft, findet er den Mut, wieder an Wiedersehen zu glauben, und lernt den Wert geduldigen Wartens, anstatt ständig dem Verlorenen nachzujagen. Das zentrale Thema steht im starken Kontrast zur Botschaft des ersten Films, voranzugehen, um zu bekommen, was man will, und konzentriert sich stattdessen auf die Kraft und Schwierigkeit des Wartens mit unerschütterlichem Glauben.