Im Jahr 2087 operiert eine geheime Organisation, bekannt als die Raum-Zeit-Strategische Durchsetzungseinheit, aus einem heruntergekommenen Gebäude. Ihre Agenten, genannt Schicksals-Zurückdreher, haben die Aufgabe, katastrophale Tode über Zeit und Raum hinweg zu verhindern. Jeder Zurückdreher besitzt ein prothetisches rechtes Auge namens Wiederholungs-Auge, das unter einer Augenklappe verborgen ist und als eingebautes Zeitmaschine fungiert. Durch wiederholtes Zurückdrehen der Zeit und die Nutzung des Wissens aus jedem gescheiterten Versuch arbeiten sie daran, den Tod ihrer zugewiesenen Ziele abzuwenden. Diese Macht hat jedoch einen hohen Preis; jede Zeitrückdrehung verursacht psychische Schäden und körperliche Erschöpfung, und eine Mission kann zu einem Abnutzungskrieg werden, da ein Zurückdreher den klaren Weg zum Erfolg finden muss, bevor sein Körper versagt. Die Organisation gerät auch in Konflikt mit einem berüchtigten Verbrechersyndikat, bekannt als die Uhrzeiger, das Zeitreise-Technologie für eigene illegale Zwecke missbraucht.

Die Geschichte folgt Chrono, einem gutherzigen und entschlossenen 14-jährigen Jungen, getrieben von einem unerschütterlichen Einsatz, Leben zu retten. Nachdem er den ungewöhnlichen Tod seiner geliebten Schwester Tokine während eines berüchtigten unlösbaren Falls, bezeichnet als Fall 999, miterlebt hat, wird Chrono in die Durchsetzungseinheit aufgenommen. Er trainiert mehrere Jahre unter Shirai, einem ehemaligen Spezialklassen-Zurückdreher, der seine eigene Fähigkeit zum Zurückdrehen verloren hat. Mit einem fotografischen Gedächtnis, einem analytischen Verstand und außergewöhnlicher mentaler Stärke steigt Chrono mit Hilfe seines bewussten fliegenden Smartphones in den Rängen auf. Sein ultimatives Ziel ist es, Fall 999 zu lösen und seine Schwester zu retten, eine Mission, die ihn häufig in Konflikt mit den Uhrzeigern bringt, die ihn offenbar davon abhalten wollen, Erfolg zu haben.

Chrono wird von einem Team aus Mit-Zurückdrehern mit ihren eigenen einzigartigen Fähigkeiten begleitet. Akaba ist ein fröhlicher und rücksichtsloser 16-jähriger Kämpfer, der ein Katana führt und selbst von Shirai vor einem vorbestimmten Tod gerettet wurde. Lemon ist eine 12-jährige Kampf-Gynoid mit einer ruhigen, emotionslosen Art und immenser Feuerkraft. Chainu ist ein sanfter und schüchterner 18-jähriger Zurückdreher mit einer geheimnisvollen Vergangenheit. Während sie Fälle von zunehmender Komplexität bearbeiten, hat jeder Zurückdreher das Potenzial, eine einzigartige Version-Up-Fähigkeit zu erwecken, die ihnen begrenzte Kontrolle über einen Aspekt der Raum-Zeit selbst gewährt. Chronos eigenes Version-Up, genannt Kopie, ermöglicht es ihm, eine unabhängige Duplikat von sich selbst aus drei Minuten in der Zukunft zu beschwören. Diese Verbündeten arbeiten an Chronos Seite, während er den psychischen Tribut seiner unzähligen Zeit-Schleifen bewältigt und sich der Wahrheit hinter Fall 999 und den Uhrzeigern nähert.