"Unmei no Makimodo Shi" erzählt die Geschichte von Haruto, einem jungen Mann, der in einer Welt lebt, in der Schicksalsfäden das Leben aller Menschen bestimmen. Diese Fäden, unsichtbar für die meisten, werden von den sogenannten "Makimodoshi" gewebt und gelenkt, mystischen Wesen, die über das Schicksal wachen. Haruto entdeckt eines Tages, dass er die Fähigkeit besitzt, diese Schicksalsfäden zu sehen und sogar zu manipulieren. Diese Gabe macht ihn zu einer seltenen Ausnahme und zieht die Aufmerksamkeit sowohl der Makimodoshi als auch mächtiger Organisationen auf sich, die die Kontrolle über das Schicksal anstreben.

Die Handlung entfaltet sich, als Haruto auf Yuna trifft, ein Mädchen, dessen Schicksalsfaden ungewöhnlich dunkel und zerbrechlich ist. Yuna ist auf der Flucht vor einer geheimnisvollen Gruppe, die ihre Existenz als Bedrohung für die Balance der Welt betrachtet. Haruto beschließt, Yuna zu beschützen, und gemeinsam begeben sie sich auf eine Reise, um die Wahrheit hinter den Schicksalsfäden und Yunas Rolle in diesem komplexen Geflecht zu enthüllen. Dabei stoßen sie auf verschiedene Charaktere, darunter andere Makimodoshi, die ihre eigenen Motive und Pläne verfolgen, sowie auf Gegner, die Harutos Fähigkeiten für ihre eigenen Zwecke nutzen wollen.

Im Laufe der Serie wird die Beziehung zwischen Haruto und Yuna immer enger, während sie sich mit moralischen Dilemmata und den Konsequenzen ihrer Handlungen auseinandersetzen müssen. Die Manipulation der Schicksalsfäden hat oft unvorhersehbare Auswirkungen, und die Grenzen zwischen Gut und Böse verschwimmen zunehmend. Die Geschichte erforscht Themen wie freier Wille, Vorherbestimmung und die Verantwortung, die mit Macht einhergeht, während die Charaktere versuchen, ihren eigenen Weg in einer Welt zu finden, die von unsichtbaren Kräften gesteuert wird.