Jahre nachdem sich das Tor zu einer anderen Welt erstmals in Tokio öffnete, übt Japan nun strenge Kontrolle über den Durchgang aus, während die japanischen Selbstverteidigungsstreitkräfte ihre diplomatischen und Erkundungsmissionen in der Sonderregion fortsetzen. Die Fortsetzung verlagert den Fokus von Bodenoperationen auf die japanische Maritime Selbstverteidigungsstreitkräfte, während sie die unerforschten Meere dieser Parallelwelt befahren. Die Geschichte folgt dem Maat Hajime Tokushima, einem ehemaligen Koch, der sich nun an Bord des U-Bootes Kitashio unter dem Kommando von Kapitän Gorou Edajima wiederfindet. Ihre Mission nimmt eine dringende Wendung, als ein amerikanischer Journalist in den turbulenten Gewässern der Region entführt wird, was die Marineeinheit zu einer riskanten Rettungsoperation zwingt. Bei der Infiltration der Handelsnation Tinae verbünden sie sich mit Prinzessin Primera Luna Avion, einer schüchternen aber entschlossenen Royalen, die für ihre überraschende Trinkfestigkeit bekannt ist, dem Piratenerben Shura no Arch und dem geflügelten Schiffswächter Odette Ze Nebula. Gemeinsam stellt sich diese ungewöhnliche Crew tobenden Kriegen zwischen Inselfraktionen, Piratenflotten, monströsen gepanzerten Walen und Meereskreaturen, während sie diplomatische Spannungen mit kriegführenden Nationen navigiert, die noch mit Schwertern und Segeln kämpfen. Die Erzählung folgt den ersten beiden Bänden der GATE Season 2 Light-Novel-Serie und adaptiert die Kapitel 1 bis 48 der Manga-Fortsetzung. Die Fortsetzung führt einen Zeitsprung von vier Jahren nach den Ereignissen der Originalserie ein, wobei die Produktion von Studio M2 unter der Regie von Toru Takahashi übernommen wird, während Tatsuhiko Urahata aus der ersten Staffel zur Serienkomposition und zu den Drehbüchern zurückkehrt. Die Geschichte erforscht den Konflikt zwischen moderner Marinestrategie und Fantasiekriegsführung, während Lenkwaffen-U-Boote politische Intrigen in einer Welt navigieren, in der Radar nicht existiert, und testet die Entschlossenheit der JMSDF-Crew, die sowohl gegen menschliche Feinde als auch gegen mystische Kräfte unter den Wellen kämpft, um ihren Auftrag zu erfüllen.