Juzo Ogami ist ein legendärer 39-jähriger Auftragskiller mit einer perfekten Bilanz, der für das Z.O.O.-Syndikat arbeitet. Sein Leben nimmt eine unerwartete Wendung während eines Einsatzes gegen ein Unternehmen für genetische Manipulation, als er von einer mysteriösen, genetisch modifizierten Wespe gestochen wird. Der Stich löst eine bizarre Reaktion aus und verwandelt seinen Körper in den eines 13-jährigen Jungen. Nun in der Gestalt eines Kindes gefangen, erhält er von seinem Boss einen neuen Auftrag: in eine Mittelschule einzuschleusen. Seine Mission ist es, die Sicherheit der Schule zu bewerten, die die Tochter des Bosses besuchen wird, während das Syndikat an einem Gegenmittel arbeitet.

Die Handlung wechselt zwischen der schattenhaften Welt professioneller Attentäter und den hell erleuchteten Fluren einer gewöhnlichen japanischen Mittelschule. Trotz anfänglicher Widerwillen entdeckt Juzo, der die Schule vor langer Zeit abgebrochen hat, eine unerwartete und tiefe Liebe zum Lernen. Er wird ein Musterschüler, fasziniert von Fächern wie negativen Zahlen und Sozialkunde, was ihn zwingt, seine tödlichen Instinkte mit den alltäglichen Realitäten von Hausaufgaben, Klassenkameraden und Sportunterricht in Einklang zu bringen.

Zu den Schlüsselcharakteren in Juzos Umfeld gehören sein schrulliger und technikversierter junger Partner Kotatsu Nekota, der ihm aus der Ferne mit Geräteunterstützung zur Seite steht. In der Schule trifft er auf Noren Mitsuoka, die willensstarke Tochter des Pharmaimperiums, das die Wespe erschuf, was sie zu einem potenziellen Schlüssel zur Umkehrung seines Zustands macht. Weitere bemerkenswerte Figuren sind Chisato Shiraishi, die Leiterin des Hauswirtschaftsclubs, und mehrere gefährliche Widersacher, die ebenfalls in die Schule eingeschleust wurden, wie Shin Kohazame, ein Agent einer chinesischen Attentäterorganisation, und die Rindou-Brüder Kazuma und Eiji, die Mitglieder einer mächtigen Attentätergruppe sind.

Während Juzo sein Doppelleben meistert, holt ihn seine Vergangenheit ein. Rivalisierende Attentäter rücken näher und verwandeln die Schule in ein Schlachtfeld, auf dem er seine Erwachsenen-Erfahrung und tödlichen Fähigkeiten einsetzen muss, um seine neue Tarnung und seine Klassenkameraden zu schützen, während er gleichzeitig nach einem Weg sucht, in seinen ursprünglichen Körper zurückzukehren. Die Erzählung folgt seinem Kampf, seine Identität als kaltblütiger Killer mit den wiederentdeckten Freuden und sozialen Verbindungen der Jugend in Einklang zu bringen, wobei er oft seine reife Perspektive nutzt, um Probleme zu lösen, wie zum Beispiel wenn er instinktiv weibliche Klassenkameraden vor einem Übergriff schützt, weil sie im gleichen Alter wie seine Tochter sind.