Fünfunddreißig Jahre nachdem der Dämonenkaiser Arago versiegelt wurde, hat die Welt weitgehend den Schrecken vergessen, den er einst in die Menschenwelt brachte. Dieser fragile Frieden wird zerstört, als das uralte Siegel schwächer wird und eine neue dämonische Armee unter der Führung des bösen Kaisers Ramaga erneut in die sterbliche Welt eindringen kann. Als schwarze Wolken den Himmel über dem heutigen Shinjuku verdunkeln und Dämonensoldaten hereinströmen, wird eine neue Generation von fünf jungen Kriegern gerufen, mystische Rüstungen namens Yoroi anzulegen und zu den Samurai Troopers zu werden, der letzten Verteidigungslinie der Menschheit.

Die Geschichte folgt diesen fünf Teenagern, die jeweils mit einer Rüstung verbunden sind, die eine bestimmte Tugend und Elementarkraft repräsentiert. Gai, ein ehemaliges Mitglied von Ramagas eigenen Ten Braves, wird zum Träger der Shakunetsu no Yoroi, der Brennenden Rüstung, die mit Feuer assoziiert wird. Anfangs ein Antiheld mit gewalttätigen Tendenzen, muss er lernen, seine dunkleren Impulse zu kontrollieren und zu einem wahren Helden heranzuwachsen. Musashi Hojo, ein gutherziger Junge, der als einziger Überlebender seines vorherigen, korrupten Trooper-Teams übrig blieb, erbt die wasserbasierte Suiren no Yoroi, oder Seerosen-Rüstung, die defensive und heilende Fähigkeiten verleiht. Das Team wird vervollständigt durch Kaito Uesugi, den Otaku-Träger der himmelmanipulierenden Soukyuu no Yoroi; Yamato Hojo, Musashis älteren Bruder, der die erdbasierte Stärke der Kouya no Yoroi befehligt; und Shion Ishida, den strategischen Anführer, dessen Senkou no Yoroi die Kraft von Licht und Blitz nutzt, um Dunkelheit zu reinigen.

Die Erzählung beginnt mit der dämonischen Invasion und der Formation der neuen Troopers, die anfangs von der Defense Special Task Force (DST) unterstützt werden, einer Regierungsorganisation, die auch ein separates, ineffektives Team von publikumsorientierten Troopern verwaltet. Eine Schlüsselfigur ist Ryusei Oda, ein vernarbter DST-Rekrut, der die neue Generation ausbildet, und der zurückkehrende Charakter Nasti Yagyu aus der Originalserie, der nun als Direktor der DST und Mentor der jungen Krieger dient. Die Forscherin Mirei Aragaki bietet auch entscheidende technologische Unterstützung für die Rüstungsentwicklungen des Teams. Die frühen Episoden etablieren einen dunkleren und schärferen Ton als ihr Vorgänger, mit grafischer Gewalt und moralisch komplexen Situationen, wie wenn Gai Musashis korrupte ehemalige Teamkameraden brutal ermordet, als karmische Vergeltung für deren Selbstsucht.

Ein größerer Handlungsbogen entfaltet sich, als Ryusei von einer magischen Kugel getroffen wird, seine Kräfte verliert und später vom Dämonenkaiser Ramaga selbst besessen wird. Sein scheinbarer Verlust lässt die Troopers zerrissen und trauernd zurück. Episode sechs dient als Soft-Reboot der Serie, wobei Shion als neue treibende Kraft des Teams auftritt und Ryuseis Notizen als Leitfaden nutzt. Währenddessen durchläuft Gai einen rigorosen Trainingsbogen, angetrieben durch posthume Mentorschaft von Ryusei, was es ihm ermöglicht, seine gewalttätige Vergangenheit und Vorurteile zu konfrontieren. Ramaga gewährt den Troopern ein siebentägiges Ultimatum, was zu einer angespannten Vorbereitungsphase führt. Der Bogen steuert auf eine klimaktische Konfrontation zu, in der die Helden ihre neu gewonnene Stärke und Entschlossenheit vereinen müssen, um Ramaga aufzuhalten, wobei sie persönliche Opfer und den wahren Preis ihres Sieges in Kauf nehmen, während sie kämpfen, um zu verhindern, dass die Dämonenwelt Tokio vollständig verschlingt.