Kindergarten Noir ist weithin als der sicherste Kindergarten der Welt bekannt. Seine Schüler sind ausschließlich die Kinder der mächtigsten Politiker, Prominenten und Wirtschaftsmagnaten der Welt, was sie zu ständigen Zielen für Attentäter und Entführer macht. Die Sicherheit der Schule wird nicht von gewöhnlichen Wachen garantiert, sondern vom Lehrpersonal, das aus verurteilten Straftätern besteht, die ihre Haftstrafen reduzieren. Die Handlung folgt Rita, einer 20-jährigen ehemaligen legendären Attentäterin, bekannt als Sträfling #999 und mit dem Spitznamen Die Hexe, die eine Stelle an dieser Einrichtung annimmt. Während ihre offiziellen Aufgaben darin bestehen, die Kinder zu unterrichten und zu schützen, ist ihr persönliches Ziel weit weniger edel: einen gutaussehenden Freund unter dem endlosen Strom von Angreifern zu finden.

Die Serie kombiniert gewalttätige Action mit romantischer Komödie, während Rita die meisten Bedrohungen mühelos mit ihrer übermenschlichen Stärke und Beherrschung aller Waffen besiegt. Ihre kritische Schwäche ist jedoch, dass sie sich Hals über Kopf in jeden gutaussehenden Mann verliebt, dem sie begegnet, selbst wenn dieser Mann ein Attentäter ist, der versucht, ihre Schüler zu töten. Sie hat eine persönliche Regel entwickelt: Wenn ein gutaussehender Killer ihre romantischen Vorlieben teilt, könnte sie sein Leben verschonen, aber wenn seine Antworten ihr missfallen, erschießt sie ihn ohne Zögern. Dieser Running Gag prägt einen Großteil des frühen Konflikts, während Rita ihre widersprüchlichen Wünsche nach Liebe und Überleben navigiert.

Rita arbeitet neben einer bunten Besetzung ehemaliger Straftäter in der Löwenzahn-Klasse. Ihr Kollege Doug ist ein 23-jähriger amerikanischer ehemaliger Trickbetrüger und selbsternannter Frauenheld, der echte Gefühle für Rita entwickelt. Trotz seiner Vergangenheit als Schwindler besitzt Doug scharfe Beobachtungsgabe, ein nahezu fotografisches Gedächtnis für die Gesichter der Kinder und überraschende Kompetenz. Später schließt sich Hana Bradley, eine 18-Jährige aus einer berüchtigten Attentäterfamilie, als Junior-Lehrerin dem Personal an und führt einen Baseballschläger kombiniert mit Sprengstoff. Zum Lehrkörper gehören auch die Lehrer der Chrysanthemen-Klasse Luke Smith, ein stoischer ehemaliger Polizist, der seinen Vorgesetzten ermordete und jetzt heimlich Shojo-Manga liebt, und seine Partnerin Silvia, eine ehemalige Schmugglerin, die still Gefühle für Luke hegt. Über sie alle wacht die strenge ehemalige Soldatin und 园长 Erina, die jede Lehrkraft mit GPS-Chips verfolgt und ihnen außerhalb des Schulgeländes keine Freiheit gewährt, es sei denn, sie schützen aktiv Schüler, zusammen mit dem bärenhaften aber friedliebenden 副园长 und Schularzt Gordon Z. Sky.

Ein bedeutender Handlungsbogen handelt davon, dass Hana den Kindergarten vorübergehend verrät, um ihren Bruder Shaw aus ihrer kriminellen Familie zu retten, ein Vorfall, der ihre Bindung zum Team stärkt und zu ihrer vollständigen Akzeptanz führt. Ein weiterer wichtiger Handlungsstrang stellt die 跨国犯罪组织 New World Order vor, angeführt von Leo, der sich als Ritas Zwillingsbruder entpuppt. Leo orchestriert Angriffe auf eine mysteriöse und äußerst wichtige Schülerin namens Lyla, was darauf hindeutet, dass der wahre Zweck des Kindergartens über bloßen Schutz hinausgehen könnte. Die Serie deutet allmählich auf tiefere Verschwörungen hin, als Doug den wahren Motiven der 园长 für die Zusammenstellung einer so gefährlichen Gruppe verurteilter Killer misstrauisch gegenübersteht.

Im Laufe der Geschichte entwickelt sich langsam eine romantische Beziehung zwischen Rita und Doug, sehr zur Freude von Luke, der ihr Liebesdreieck mit Hana als reales Shojo-Manga-Drama betrachtet. Der Manga wurde in mehreren Bänden gesammelt, und eine Anime-Fernsehserienadaption wurde angekündigt, die diese Geschichte über den gefährlichsten Kindergarten der Welt auf die Leinwand bringt.