Im Jahr 1983 endet eine verdeckte Mission mit 21 südkoreanischen Spezialagenten tragisch, als die Einsatzkräfte nach einem erfolgreichen Einsatz von eigenen Regierungsbeamten verraten und getötet werden. Nur zwei Männer überleben: Lee Jin-pyo, der für tot zurückgelassen wird, und sein bester Freund Park Moo-yul, der sich opfert, um Jin-pyo zu retten. Von Rache getrieben, entführt Jin-pyo Moo-yuls Säuglingssohn Lee Yoon-sung und zieht ihn in einer brutalen Umgebung auf, wo er ihn im Kampf und im Schießen für einen einzigen Zweck ausbildet: die fünf hochrangigen Politiker zu zerstören, die das Massaker orchestriert haben.

28 Jahre später ist Lee Yoon-sung ein brillanter MIT-Absolvent, der eine Stelle als IT-Experte im Blauen Haus, dem südkoreanischen Präsidialamt, erhält. Als zurückhaltender Kommunikationsoffizier getarnt, operiert er unter der geheimen Identität des City Hunter, eines maskierten Vigilanten, der systematisch die fünf korrupten Beamten ins Visier nimmt. Sein Ziel ist es nicht nur, sie zu töten, sondern ihre Verbrechen öffentlich zu machen, um ihnen Macht und Ruf zu nehmen, bevor sie fallen. Während er seine Ziele methodisch ausschaltet, erlangt er unter den Bürgern den Ruf eines Helden der Gerechtigkeit, obwohl die Polizei ihn als gefährlichen Kriminellen jagt.

Yoon-sungs Mission wird durch zwei Figuren kompliziert. Die erste ist Kim Na-na, eine fähige und prinzipientreue Präsidentenleibwächterin, die seine Liebesinteresse wird. Sie ist leidenschaftlich dem Schutz anderer verpflichtet, einschließlich ihres Vaters, der im Koma liegt. Anfangs misstrauisch gegenüber Yoon-sung, entdeckt sie schließlich sein Doppelleben und ringt damit, ihre Pflicht gegenüber dem Gesetz mit ihren Gefühlen für den Vigilanten in Einklang zu bringen. Die zweite ist Kim Young-ju, eine ehrliche und unermüdliche Staatsanwältin, deren Vater einer der fünf Männer auf Yoon-sungs Liste ist. Young-ju will den City Hunter wegen Gesetzesverstößen festnehmen, ohne die dunklen Geheimnisse ihrer eigenen Familie zu kennen.

Während der 20-teiligen Staffel umfassen bemerkenswerte Handlungsstränge die Ausschaltung jedes Ziels, was Yoon-sung zwingt, die moralischen Kosten seiner Rache zu konfrontieren. Sein Adoptivvater Lee Jin-pyo wird zunehmend unberechenbar und ist bereit, jeden zu opfern, einschließlich Unschuldiger und schließlich Yoon-sung selbst, um die Vendetta zu vollenden. Dies führt zu einem zentralen Konflikt, in dem Yoon-sung sich aus der Kontrolle seines Vaters befreien und seinen eigenen Weg wählen muss, der Gerechtigkeit über Rache stellt. Der letzte Handlungsstrang konzentriert sich auf das fünfte Ziel, den Präsidenten Südkoreas, der sich als Yoon-sungs biologischer Vater entpuppt. Anstatt ihn zu töten, wie Jin-pyo es fordert, schützt Yoon-sung den Präsidenten, was zu einer dramatischen Konfrontation führt, in der Jin-pyo die Schuld für die Aktionen des City Hunter auf sich nimmt, um den Sohn zu retten, den er großgezogen hat. Angesiedelt im heutigen Seoul verbindet die Serie Action, politische Intrigen und Romantik und wandelt den ursprünglich humorvollen und privatdetektivischen Ton des Mangas in eine düstere Geschichte über Korruption und Erlösung.