An der Elite-Ninja-Akademie beginnen Erstklässler, die als Nintama bezeichnet werden – eine spielerische Kombination aus Ninja und Ei – ihre Ausbildung. Unter ihnen ist der lebhafte und brillentragende Rantaro, ein Junge aus einer niederrangigen Ninja-Familie, dessen Eltern hoffen, dass er eines Tages ein Meisterninja wird. Ihm zur Seite stehen seine beiden engsten Freunde: Shinbei, der wohlhabende Sohn eines Händlers, und Kirimaru, der seinen Vater im Krieg verloren hat. Gemeinsam bilden diese drei Außenseiter ein enges Trio, und trotz ihrer schlechten Noten und der Tendenz, Essen und Spaß über das Lernen zu stellen, meistern sie das tägliche Chaos einer Schule, in der Lehrer in Lichtblitzen erscheinen und Klassenstreiche oft tödliche Geschosse beinhalten.

Die Schule selbst ist eine lebhafte, fast karikaturhaft überzeichnete Welt, in der die Klassen farblich kodiert sind: Rantaro und seine Erstklässler tragen leuchtend blaue Uniformen, während ältere Schüler gedämpftere Farben tragen. Der Frieden der Akademie wird gestört, als Attentäter des Usetake-Ninja-Clans Yukitaka Saito und seinen Sohn Takamura ins Visier nehmen. Yukitaka betreibt nun einen beliebten Friseursalon, aber er und sein Sohn sind ehemalige Mitglieder des Usetake-Clans, und ihre Vergangenheit holt sie ein. Rantaro und seine Freunde beschließen, Vater und Sohn zu beschützen, und stürzen sich in ein kompliziertes Abenteuer, das sie gegen bezahlte Killer mit grotesken, karikierten Merkmalen antreten lässt.

Im Verlauf der Handlung befindet sich das Trio in einem mühsamen Wettlauf gegen die Zeit, der in einem verzweifelten Aufstieg gipfelt, um die Glocke eines buddhistischen Tempels auf einem Berggipfel zu läuten. Die Jungen müssen ihre unkonventionellen Fähigkeiten und ihren unerschütterlichen Teamgeist einsetzen, um die Attentäter zu überwinden und ihre neuen Freunde zu retten. Das Abenteuer zeigt ihre erstaunlichen Ninja-Heldentaten, auf die oft sehr bodenständige Stürze folgen. Durch Fallen, Slapstick-Kämpfe und die Anleitung ihres grimmigen Schulleiters und seines einfühlsamen jüngeren Kollegen beweisen die jungen Nintamas schließlich, dass selbst die ungezogensten und unwahrscheinlichsten Schüler zu Helden werden können, und kehren in ihre Akademie zurück, um ihre unkonventionelle Ausbildung fortzusetzen.