Die Geschichte kehrt zur Hekiyou Privatakademie in Hokkaido zurück, wo der Schülerrat durch einen reinen Popularitätswettbewerb gewählt wird, was zu einer Gruppe der attraktivsten und talentiertesten Mädchen der Schule führt. Das einzige männliche Mitglied, Ken Sugisaki, hat seinen Platz nicht durch Popularität erlangt, sondern durch den besten Ergebnis bei den Aufnahmeprüfungen, eine Leistung, die er mit dem ausdrücklichen Ziel vollbrachte, seinen idealen Harem zu erschaffen. Mit Beginn der zweiten Staffel, Level 2, sieht der Ratssaal anders aus, einige Synchronsprecher haben gewechselt, und ein neuer, ernsterer Unterton durchzieht die üblichen Scherze. Die stets präsente Bedrohung des Abschlusses rückt nun näher für die jugendliche Präsidentin Kurimu Sakurano und die super-sadistische Sekretärin Chizuru Akaba. Da auch die energiegeladene Vizepräsidentin Minatsu Shiina und die sanfte Otaku-Schatzmeisterin Mafuyu Shiina nach ihren Schulwechseln einer ungewissen Zukunft gegenüberstehen, sind die Tage des aktuellen Schülerrats gezählt.

Während Ken seine skandalöse, aber seltsam hingebungsvolle Verfolgung der vier Mädchen fortsetzt, vertieft die Staffel ihren Fokus auf Vergangenheit und Zukunft. Eine Episode-Zero-Rückblende zeigt das einsame und ziellose erste Jahr der Oberschule, das Ken dazu trieb, besessen zu lernen, und enthüllt seine Rivalität mit der scharfzüngigen Genie Runa Minase sowie die Ursprünge seines Strebens, in den Schülerrat zu gelangen. Die gegenwärtige Erzählung führt neue Charaktere aus seiner Vergangenheit ein, die das fragile Gleichgewicht des Rats zu stören drohen. Seine unschuldige und anhimmelnde Halbschwester, Ringo Sugisaki, trifft ein und weckt sofort Eifersucht unter den anderen Mitgliedern, während seine fröhliche Kindheitsfreundin und ehemalige Freundin, Asuka Matsubara, wiederauftaucht mit der Absicht, ihn zurückzugewinnen und seine Harem-Ambitionen zu beenden.

Im Gegensatz zur schnellen Parodie-Komödie der ersten Staffel verlagert Level 2 den Ton hin zu mehr romantischer Entwicklung und emotionaler Tiefe, wobei einzelnen Mitgliedern wie dem burschikosen Minatsu Fokus-Episoden gewidmet werden, in denen sie mit ihren weicher werdenden Gefühlen für Ken ringt. Die Erzählung steuert auf die bevorstehende Trennung zu und zwingt jeden Charakter, seinen wahren Gefühlen ins Auge zu sehen. Ken, der stets seine Liebe zum Schülerrat selbst erklärt hat, sieht seine wahren Absichten auf die Probe gestellt. Im Laufe der Staffel finden die vier Mädchen jeweils Momente, um ihre Wertschätzung und Liebe für ihn auszudrücken, und bewegen sich über die slapstickartigen Misshandlungen der Vergangenheit hinaus zu einer aufrichtigeren gegenseitigen Zuneigung. Der letzte Handlungsstrang dreht sich um Kens Versuch, sicherzustellen, dass die Gruppe zusammenbleibt, und seine Gefühle angemessen zu übermitteln, bevor die Abschlusszeremonie ihre Zeit im Schülerratssaal beendet, was in einer Auflösung gipfelt, in der sich die Bande, die sie geknüpft haben, als stärker erweisen als jeder Schulwechsel oder Abschlusstermin.