Das Krisenimperium legt eine ausgeklügelte Falle für Kotaro Minami, den heldenhaften Krieger, der als Kamen Rider BLACK RX bekannt ist. Indem sie die Zeit selbst manipulieren, schickt die bösartige Organisation Kotaro in eine frühere Epoche zurück und zwingt ihn, einen vergangenen Konflikt noch einmal zu durchleben. Bei seiner Ankunft in dieser verschobenen Zeitlinie stellt Kotaro fest, dass seine Kräfte sich zurückentwickelt haben und er sich wieder in den ursprünglichen Kamen Rider BLACK verwandelt hat, eine weniger fortgeschrittene Form als sein aktueller RX-Zustand. Bald sieht er sich von den Priestern von Gorgom, dem finsteren Kult, den er zuvor besiegt hatte, in die Enge getrieben und wird gefangen genommen.

Doch das Komplott des Krisenimperiums hat eine unvorhergesehene Konsequenz. Der Akt, Kotaro durch die Zeit zu schicken, spaltet seine Persönlichkeit. Das moderne RX-Bewusstsein reist nicht mit seinem gefangenen Vergangenheitskörper. Stattdessen materialisiert sich RX separat in derselben Ära, ist sich der Falle voll bewusst und entschlossen, sein früheres Selbst zu retten. Während BLACK ums Überleben gegen die Gorgom-Priester kämpft, greift BLACK RX ein. Die Schlacht eskaliert, was das Krisenimperium zwingt, weitere Truppen einzusetzen. Um dieser Bedrohung entgegenzuwirken, manifestieren sich auch Kotaros andere spezialisierte Formen: der flüssigkeitsbasierte Biorider und der schwer gepanzerte Roborider, jeweils eine Erweiterung von Kotaros eigenem Willen und seiner Kraft. Gemeinsam vereinen sich die vier verschiedenen Versionen von Kotaro Minami auf dem Schlachtfeld und bündeln ihre Stärke, um dem Krisenimperium entgegenzutreten und die zeitliche Falle, die die Zukunft auszulöschen droht, rückgängig zu machen.