Ein scheinbar gewöhnlicher junger Student namens Koichi beginnt, seltsame, wiederkehrende Träume von einem einsamen Turm zu haben, der aus einer weiten Wüste aufragt. Diese Visionen führen ihn bald auf eine Reise nach Bagdad, wo er entdeckt, dass der Turm aus seinen Träumen real ist – eine uralte Struktur, bekannt als der Turm zu Babel, der schlafend in den Wüstensanden liegt. Als er den Turm erreicht, erfährt Koichi eine lebensverändernde Wahrheit: Er ist kein gewöhnlicher Mensch. Er ist der direkte Nachkomme und rechtmäßige Erbe von Babel, einem mächtigen außerirdischen Wesen, das vor 5.000 Jahren auf der Erde notgelandet ist. Als Nachfolger erbt Koichi den Titel Babel II, zusammen mit enormen psychischen Fähigkeiten und der immensen Verantwortung, den Planeten zu verteidigen.

Das Erbe Babels umfasst drei mächtige, loyale Wächter. Der erste ist Rodem, ein listiger und gestaltwandelnder schwarzer Panther. Der zweite ist Robross, eine riesige, pterodactylusähnliche Flugkreatur, die als schnelles Transportmittel dient. Der dritte ist Poseidon, ein kolossaler Roboter-Krieger, der aus den Tiefen des Ozeans aufsteigt, wenn er zum Kampf gerufen wird. Zusammen muss dieses ungewöhnliche Team die Welt vor aufkommenden dunklen Mächten schützen. Die Hauptbedrohung ist ein böser Kultführer oder psychischer Revolutionär namens Lord Yomi, der andere übermächtige Individuen unter seinem Kommando sammeln will, um die Welt zu beherrschen. Yomi ist selbst ein weiterer Nachkomme des ursprünglichen Babel, was ihn zu einem gefährlichen und persönlichen Widersacher für Koichi macht. Der junge Held muss lernen, seine latenten psychischen Kräfte zu bändigen und seine neue Rolle zu meistern, um Yomis Pläne zu vereiteln.

Der Konflikt ist global und führt Koichi von seinem Leben in Japan dazu, Yomis Machenschaften an verschiedenen internationalen Schauplätzen zu bekämpfen, darunter die Wüsten Südasiens, die Straßen Manhattans, eine versteckte Basis in den Schweizer Alpen und die mystischen Gemäuer des Turms zu Babel selbst. In seinem Kampf gegen Yomi ist Koichi nicht allein; er wird oft von einer Gruppe von Autoritäten oder Verbündeten unterstützt, wie etwa einem Gerichtsmediziner namens Saeki, der hilft, die seltsamen Phänomene zu untersuchen, die von den Antagonisten verursacht werden. Seine Reise zwingt ihn, mit dem enormen Gewicht seines Erbes zu ringen. In einigen Versionen der Geschichte weigert sich Koichi, seine menschliche Identität und Emotionen vollständig aufzugeben, um ein perfektes Instrument der Macht zu werden – ein Kampf, den sein Feind Yomi nicht teilt. Die letzte Konfrontation stellt seinen Mut und Willen auf die Probe, da das Schicksal der Menschheit von seiner Fähigkeit abhängt, seine Bestimmung als Babel II, der Verteidiger der Erde, anzunehmen.