Daisuke Gōra, ein arbeitsloser junger Mann, der nach dem Studium nach Orientierung sucht, erreicht eine ruhige, klassische Buchhandlung, die in einer Ecke von Kamakura versteckt liegt. Von seiner Mutter beauftragt, eine Sammlung von Büchern zu verkaufen, die seine verstorbene Großmutter hinterlassen hat, betritt er die Biblia Antiquarian Bookshop. Unter den Bänden befindet sich eine seltene, signierte Erstausgabe von Natsume Sōsekis „Und dann“, eine Entdeckung, von der er hofft, dass sie die finanziellen Sorgen seiner Familie lösen könnte. Der Laden wirkt zunächst leer, doch schließlich wird er von seiner Inhaberin begrüßt, der schönen, aber schmerzhaft schüchternen Shioriko Shinokawa, die sofort weit mehr Interesse an den Büchern zeigt als an Smalltalk.

Sobald Shioriko beginnt, die Bände zu untersuchen, verwandelt sich ihr Auftreten vollständig. Ihre schwere soziale Angst verschwindet, während sie sich auf die gedruckte Seite konzentriert, und offenbart einen brillanten Verstand mit einem enzyklopädischen Wissen über antiquarische Bücher und einem erstaunlichen Talent für logische Schlussfolgerungen. Anhand des Zustands eines Schutzumschlags, einer Widmung oder eines alten Lesezeichens kann sie die verborgene Geschichte und die Geheimnisse entschlüsseln, die mit jedem Buch verbunden sind. Zu Daisukes Erstaunen bewertet sie nicht nur die Sammlung seiner Großmutter, sondern nutzt die Bücher auch, um eine ergreifende Wahrheit über seine Vergangenheit aufzudecken: den Grund, warum er seit seiner Kindheit unter einer Phobie leidet, die gedruckte Wörter verschwimmen lässt und ihm körperlichen Schwindel verursacht. Neugierig und ihr verpflichtet, nimmt Daisuke eine Stelle als ihr Assistent an und wird zum schlaksigen, sanften Beschützer, der sich um Kunden und die Laufarbeit kümmert, während sie in ihren Büchern vergraben bleibt. Gemeinsam bildet dieses ungleiche Paar eine Partnerschaft, um die „Fallakten“ der alten Bücher zu untersuchen, die die Leute zu ihnen bringen.

Die Geheimnisse, auf die sie stoßen, sind selten gewalttätige Verbrechen. Stattdessen befassen sich die Fälle mit den emotionalen Verstrickungen und stillen Täuschungen des Alltags, wobei jedes antiquarische Buch als Zeuge eines vergessenen Ereignisses dient. Ein Paar streitet sich über ein altes Logiklehrbuch und enthüllt eine jahrzehntealte Lüge, die aus Liebe und Scham geboren wurde. Eine seltene Ausgabe der „Gesammelten Werke Shakespeares“ trägt eine verborgene Botschaft, die eine zerbrochene Beziehung kitten könnte. Eine scheinbar wertlose Sammlung von Zeitschriften entschlüsselt eine Geschichte von Kriegsopfern und künstlerischem Erbe. Als Shioriko und Daisuke tiefer in diese bibliografischen Rätsel eintauchen, begegnen sie einem ständigen Schatten: einem gerissenen Meisterdenker, bekannt als der Numa no Tō (der Herr des Sumpf-Anwesens), einem verdrehten Spiegelbild von Shioriko selbst, der versucht, wertvolle Bücher zu erwerben, zu stehlen oder zu zerstören, um persönlichen Gewinn zu erzielen. Dieser Antagonist betrachtet Shioriko als seine größte Rivalin und bereitet die Bühne für ein Katz-und-Maus-Spiel, das im Hintergrund ihrer buchbezogenen Detektivarbeit abläuft und Daisuke zwingt, über seine Rolle als einfacher Assistent hinauszuwachsen, um die stille Frau zu beschützen, die seinem Leben endlich einen Sinn gegeben hat.