"Mouse" ist eine Anime-Serie, die sich um die komplexen Beziehungen und moralischen Dilemmata dreht, die entstehen, wenn Wissenschaft und Ethik aufeinandertreffen. Die Handlung spielt in einer dystopischen Zukunft, in der genetische Manipulation und Klontechnologie weit fortgeschritten sind. Die Geschichte konzentriert sich auf eine Gruppe von Wissenschaftlern, die an einem geheimen Projekt arbeiten, um menschliche DNA mit tierischen Eigenschaften zu kombinieren, um sogenannte "Hybridwesen" zu erschaffen. Diese Hybriden sollen als perfekte Soldaten oder Arbeiter dienen, doch die Experimente führen zu unvorhergesehenen Konsequenzen.

Im Mittelpunkt der Handlung steht der Protagonist, ein junger Genetiker, der in das Projekt hineingezogen wird, ohne zunächst die wahren Absichten seiner Vorgesetzten zu kennen. Als er entdeckt, dass die Hybridwesen nicht nur physisch, sondern auch emotional und intellektuell menschlich sind, beginnt er, die Ethik des Projekts in Frage zu stellen. Seine Zweifel verstärken sich, als er eine enge Beziehung zu einem der Hybridwesen entwickelt, das über ein ausgeprägtes Bewusstsein und eigene Wünsche verfügt.

Parallel dazu wird die Geschichte durch die Perspektive eines mysteriösen Antagonisten bereichert, der das Projekt aus persönlichen Gründen sabotieren will. Dieser Charakter agiert im Schatten und nutzt seine Kenntnisse über die Schwachstellen des Projekts, um Chaos zu stiften. Die Handlung entwickelt sich zu einem Spannungsfeld zwischen Loyalität, wissenschaftlichem Fortschritt und menschlicher Moral, wobei die Grenzen zwischen Gut und Böse zunehmend verschwimmen.

Die Serie thematisiert auch die gesellschaftlichen Auswirkungen der genetischen Experimente, da die Existenz der Hybridwesen schließlich öffentlich wird und zu politischen und sozialen Unruhen führt. Die Charaktere müssen sich mit Fragen der Identität, Freiheit und Verantwortung auseinandersetzen, während sie versuchen, in einer Welt zu überleben, die von ihren eigenen Schöpfungen bedroht wird. Die Handlung ist geprägt von unerwarteten Wendungen, emotionalen Konflikten und einer düsteren Atmosphäre, die die moralischen Abgründe der wissenschaftlichen Ambitionen beleuchtet.