"Dragon Ball GT" ist eine Fortsetzung der "Dragon Ball"-Reihe und spielt fünf Jahre nach den Ereignissen von "Dragon Ball Z". Die Serie beginnt damit, dass Son Goku durch einen Wunsch des Pilaf-Trios versehentlich in ein Kind zurückverwandelt wird. Zusammen mit seiner Enkelin Pan und dem wiedergekehrten Trunks begibt er sich auf eine galaxisweite Reise, um die verstreuten schwarzen Stern-Dragonballs zu finden. Diese Dragonballs wurden vor langer Zeit von Kami erschaffen und bergen eine gefährliche Eigenschaft: Wenn sie nicht innerhalb eines Jahres gesammelt und ein Wunsch ausgesprochen wird, wird der Planet, auf dem sie erschaffen wurden, zerstört.

Die Suche nach den Dragonballs führt das Trio zu verschiedenen Planeten, auf denen sie auf neue Feinde und Herausforderungen treffen. Dabei werden sie mit moralischen Dilemmata und den Konsequenzen ihrer Handlungen konfrontiert. Während ihrer Reise begegnen sie unter anderem dem mysteriösen Baby, einem parasitären Wesen, das die Saiyans hasst und Rache für die Zerstörung seines Volkes, der Tuffles, durch die Saiyans plant. Baby gelingt es, die Kontrolle über Vegeta zu übernehmen und eine Bedrohung für die Erde darzustellen.

Nach der Niederlage Babys wird die Erde durch die übermäßige Nutzung der Dragonballs erneut in Gefahr gebracht. Dies führt zur Entstehung der Schatten-Drachen, die aus den negativen Energien der Dragonballs geboren wurden. Jeder Drache repräsentiert einen der sieben ursprünglichen Dragonballs und besitzt einzigartige Fähigkeiten. Die finale Konfrontation mit den Schatten-Drachen, insbesondere mit dem mächtigen Yi Xing Long, stellt die größte Herausforderung dar. Goku erreicht in diesem Kampf eine neue Transformationsstufe, den Super-Saiyajin 4, und verbündet sich mit Vegeta, um die Bedrohung zu besiegen.

Am Ende der Serie opfert Goku seine Existenz, um die Dragonballs zu retten und die Erde zu schützen. Die Dragonballs verschwinden für immer, und Goku verlässt die Erde, um mit Shenlong zu verschmelzen. Die Serie endet mit einem Zeitsprung, der zeigt, wie Goku viele Jahre später bei einem Kampfturnier wieder auftaucht, bevor er erneut verschwindet, um ein Leben in Frieden zu führen.