"Higehiro" erzählt die Geschichte von Yoshida, einem 26-jährigen Büroangestellten, der nach einer gescheiterten Liebeserklärung an seine Vorgesetzte, Airi Gotou, betrunken nach Hause zurückkehrt. Auf dem Weg trifft er auf Sayu Ogiwara, ein 17-jähriges Mädchen, das auf der Straße sitzt und offensichtlich in Schwierigkeiten steckt. Sayu bietet Yoshida sexuelle Gefälligkeiten im Austausch für einen Platz zum Übernachten an, doch Yoshida lehnt dies ab und nimmt sie stattdessen aus Mitgefühl bei sich auf. Obwohl er zunächst zögert, entwickelt sich eine ungewöhnliche Beziehung zwischen den beiden, in der Yoshida versucht, Sayu zu helfen, während sie ihre Vergangenheit und die Gründe für ihr Leben auf der Straße offenbart.

Sayu ist aus ihrer Heimat in Hokkaido geflohen, nachdem sie sich mit ihrer Familie überworfen hatte und traumatische Erfahrungen gemacht hatte. Sie reiste durch Japan und suchte bei verschiedenen Männern Unterschlupf, bis sie auf Yoshida traf. Yoshida, der selbst mit seinen eigenen emotionalen Herausforderungen zu kämpfen hat, bietet Sayu nicht nur ein Dach über dem Kopf, sondern auch eine stützende und fürsorgliche Umgebung. Im Laufe der Serie wird ihre Beziehung komplexer, da beide Charaktere mit ihren inneren Konflikten und gesellschaftlichen Erwartungen konfrontiert werden.

Neben Yoshida und Sayu spielen weitere Charaktere eine wichtige Rolle. Airi Gotou, Yoshidas Vorgesetzte, ist eine selbstbewusste und erfolgreiche Frau, die Yoshidas Gefühle für sie kennt, aber ihre eigenen Gründe hat, diese nicht zu erwidern. Ihre Interaktionen mit Yoshida tragen zur Entwicklung seiner Persönlichkeit bei. Ein weiterer wichtiger Charakter ist Asami Yuuki, eine Kollegin von Yoshida, die sich in ihn verliebt und mit ihren eigenen Gefühlen ringt, während sie die Situation zwischen Yoshida und Sayu beobachtet.

Die Handlung von "Higehiro" konzentriert sich auf die Entwicklung der Beziehung zwischen Yoshida und Sayu, während sie gemeinsam versuchen, ihre jeweiligen Probleme zu bewältigen. Die Serie behandelt Themen wie familiäre Konflikte, Traumata, Verantwortung und die Suche nach einem Sinn im Leben. Durch die Interaktionen der Charaktere und die allmähliche Offenlegung ihrer Hintergründe entsteht eine Geschichte, die sowohl emotional als auch nachdenklich stimmt.