"Lady Napoleon" spielt in einer alternativen historischen Realität, in der die französische Revolution und die napoleonischen Kriege einen anderen Verlauf nehmen. Die Protagonistin, eine junge Frau namens Élise de Montclair, entstammt einer Adelsfamilie, die während der Revolution enteignet wurde. Élise wächst in Armut auf, entwickelt jedoch ein außergewöhnliches strategisches Talent und eine tiefe Entschlossenheit, ihre Familie zu rehabilitieren. Durch eine Reihe von Zufällen und geschickten Manövern gelingt es ihr, in die militärischen und politischen Kreise Frankreichs einzudringen.

Élise nutzt ihre Intelligenz und ihr Charisma, um sich als Beraterin und später als Kommandantin in der Armee zu etablieren. Sie wird zu einer Schlüsselfigur in den napoleonischen Kriegen, wobei sie nicht nur militärische Strategien entwickelt, sondern auch politische Allianzen schmiedet. Ihre Ambitionen führen sie schließlich an die Spitze der Macht, wo sie als "Lady Napoleon" bekannt wird. Die Serie zeigt ihren Aufstieg, ihre Kämpfe gegen innere und äußere Feinde sowie die komplexen Beziehungen zu ihren Verbündeten und Gegnern.

Neben Élise spielen mehrere Nebenfiguren eine wichtige Rolle, darunter ihr loyaler Freund und Mitstreiter, der ehemalige Soldat Jean-Luc, und ihre Rivalin, die intrigante Adlige Isabelle de Rochefort. Die Handlung ist geprägt von politischen Intrigen, Schlachten und persönlichen Konflikten, die Élises Weg zur Macht begleiten. Die Serie verbindet historische Elemente mit fiktionalen Erzählungen und bietet eine Mischung aus Action, Drama und politischem Intrigenspiel.