Die zweite Staffel von "Muv-Luv Alternative" setzt die Handlung der ersten Staffel fort und vertieft die Konflikte in einer Welt, die von einer Alien-Invasion durch die BETA bedroht wird. Die Serie spielt in einem alternativen Universum, in dem die Menschheit seit Jahrzehnten gegen die außerirdischen Wesen kämpft, die die Erde überrannt haben. Die Protagonisten sind junge Piloten, die in TSF-Kampfmaschinen (Tactical Surface Fighters) ausgebildet werden, um die BETA zu bekämpfen.

Im Mittelpunkt der Handlung steht Takeru Shirogane, der aus einer parallelen Welt in diese düstere Realität versetzt wurde. In der zweiten Staffel wird seine Rolle als Schlüsselfigur im Kampf gegen die BETA weiter ausgebaut. Takeru muss sich nicht nur mit den äußeren Bedrohungen auseinandersetzen, sondern auch mit den inneren Konflikten innerhalb der militärischen Hierarchie und den moralischen Dilemmata, die der Krieg mit sich bringt. Seine Beziehungen zu den anderen Charakteren, insbesondere zu Meiya Mitsurugi, Sumika Kagami und Yuuko Kouzuki, spielen eine zentrale Rolle.

Die Handlung konzentriert sich auf die Vorbereitungen und die Durchführung der Operation "Ouka", einem riskanten Plan, der darauf abzielt, die BETA durch einen koordinierten Angriff zurückzudrängen. Dabei werden die strategischen und taktischen Herausforderungen des Krieges detailliert dargestellt, ebenso wie die emotionalen und psychologischen Belastungen, die die Soldaten erleben. Die Serie zeigt die Konsequenzen von Verlust und Opferbereitschaft, während die Charaktere mit ihren eigenen Ängsten und Hoffnungen konfrontiert werden.

Ein weiterer wichtiger Aspekt der Handlung ist die Erforschung der BETA und ihrer Herkunft. Die Menschheit versucht, mehr über die Aliens zu erfahren, um effektivere Strategien zu entwickeln. Gleichzeitig gibt es politische Intrigen und Machtkämpfe innerhalb der menschlichen Fraktionen, die den Fortschritt im Kampf gegen die BETA behindern. Die Serie verbindet Action, Drama und Science-Fiction-Elemente, um eine komplexe und vielschichtige Erzählung zu schaffen.

Die Charakterentwicklung steht im Vordergrund, wobei Takerus Wachstum von einem unsicheren Jugendlichen zu einem entschlossenen Anführer im Mittelpunkt steht. Auch die Nebencharaktere erhalten ausreichend Raum, um ihre Hintergründe und Motivationen zu entfalten. Die Serie behandelt Themen wie Pflicht, Loyalität, Verlust und die moralischen Grauzonen des Krieges, ohne dabei die Action und die Spannung zu vernachlässigen.