"Magia Record: Puella Magi Madoka Magica Side Story" ist eine Anime-Serie, die im Universum von "Puella Magi Madoka Magica" spielt, jedoch mit einer eigenständigen Handlung und neuen Charakteren. Die Geschichte dreht sich um Iroha Tamaki, ein junges Mädchen, das sich auf die Suche nach ihrer vermissten Schwester Ui begibt. Iroha wird von wiederkehrenden Erinnerungen an Ui geplagt, die sie jedoch nicht vollständig zuordnen kann. In ihrer Heimatstadt Kamihama stößt Iroha auf eine mysteriöse App namens "Magia Record", die ihr den Weg zu ihrer Schwester weisen soll.

In Kamihama trifft Iroha auf andere Magical Girls, darunter Yachiyo Nanami, eine erfahrene Magical Girl, die allein arbeitet und zunächst skeptisch gegenüber Irohas Anwesenheit ist. Yachiyo wird von Tsuruno Yui, Felicia Mitsuki und Sana Futaba begleitet, die ebenfalls Magical Girls sind und gemeinsam gegen die Bedrohung durch die "Uwasa" kämpfen – mysteriöse Wesen, die aus Gerüchten entstehen und die Stadt in Gefahr bringen. Iroha schließt sich der Gruppe an, um mehr über die Uwasa und ihre Verbindung zu Ui herauszufinden.

Im Laufe der Serie enthüllt sich, dass Kamihama ein besonderer Ort ist, an dem Magical Girls vor dem Schicksal bewahrt werden, zu "Witches" zu werden – eine zentrale Bedrohung im ursprünglichen "Madoka Magica"-Universum. Stattdessen verwandeln sie sich in eine andere Form, die als "Doppel" bekannt ist. Diese Veränderung wird durch die Anwesenheit der "Magius", einer geheimnisvollen Organisation, ermöglicht, die behauptet, die Magical Girls retten zu wollen. Die Magius werden von Figuren wie Alina Gray und Touka Satomi angeführt, die ihre eigenen Motive und Pläne verfolgen.

Iroha und ihre Verbündeten geraten in Konflikte mit den Magius, während sie gleichzeitig versuchen, die Wahrheit über die Uwasa und die verschwundenen Mädchen, darunter Ui, aufzudecken. Die Handlung entwickelt sich zu einer komplexen Erzählung über Loyalität, Opferbereitschaft und die moralischen Dilemmata, die mit der Macht der Magical Girls einhergehen. Die Serie verbindet dabei Elemente aus dem ursprünglichen "Madoka Magica"-Universum mit neuen Ideen und Charakteren, die das bekannte Setting erweitern.