In der dritten Staffel von *Magia Record: Puella Magi Madoka Magica Side Story* wird die Handlung um die Protagonistin Iroha Tamaki fortgesetzt, die in der fiktiven Stadt Kamihama nach ihrer verschwundenen Schwester Ui sucht. Kamihama ist ein Ort, an dem Magical Girls, junge Mädchen, die durch einen Vertrag mit dem mysteriösen Wesen Kyubey übernatürliche Kräfte erhalten, gegen Dämonen kämpfen. Im Verlauf der Staffel wird deutlich, dass Kamihama ein Zentrum für Magical Girls ist, da dort ein System existiert, das ihre unvermeidliche Verwandlung in Dämonen verhindern soll.

Iroha schließt sich einer Gruppe von Magical Girls an, darunter Yachiyo Nanami, eine erfahrene Kämpferin, die zunächst skeptisch gegenüber Irohas Anwesenheit ist, sowie Tsuruno Yui, Sana Futaba und Felicia Mitsuki. Gemeinsam erforschen sie die Geheimnisse der Stadt und stoßen auf die Organisation „Wings of the Magius“, die behauptet, die Magical Girls vor ihrem Schicksal zu retten. Diese Gruppe, angeführt von den Charakteren Alina Gray, Touka Satomi und Nemu Hiiragi, verfolgt jedoch eigene, undurchsichtige Ziele, die die Stabilität der Welt bedrohen.

Die Handlung vertieft sich in die Konflikte zwischen den Magical Girls und den „Wings of the Magius“, wobei die moralischen Grauzonen ihrer Entscheidungen und die Konsequenzen ihrer Handlungen im Mittelpunkt stehen. Iroha und ihre Verbündeten müssen nicht nur gegen Dämonen kämpfen, sondern auch die Wahrheit über Kamihama, das Schicksal der Magical Girls und die Rolle von Kyubey aufdecken. Dabei werden die persönlichen Motivationen und Tragödien der Charaktere weiter ausgebaut, insbesondere Irohas unerschütterlicher Wille, ihre Schwester zu finden, und Yachiyos Vergangenheit, die ihre Beziehung zu den anderen Mädchen prägt.

Die Staffel führt zu einem Höhepunkt, in dem die Protagonistinnen mit den Konsequenzen ihrer Entscheidungen konfrontiert werden und die Grenzen zwischen Freund und Feind verschwimmen. Die Handlung bleibt eng mit den zentralen Themen des Franchise verbunden, darunter Hoffnung, Verzweiflung und die moralischen Dilemmata, die mit übernatürlichen Kräften einhergehen.