"GUNNM 3D Special" ist eine OVA, die auf dem Manga "GUNNM" (auch bekannt als "Battle Angel Alita") von Yukito Kishiro basiert. Die Handlung spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Gesellschaft in eine untere und eine obere Schicht geteilt ist. Die untere Schicht, Scrapyard, ist ein Ort voller Verfall und Gewalt, während die obere Schicht, Zalem, als utopische Stadt in der Schwebe über Scrapyard thront.

Die Protagonistin der Geschichte ist Gally, ein Cyborg-Mädchen, das von dem Wissenschaftler Daisuke Ido in einem Schrottberg gefunden und wiederbelebt wird. Gally hat keine Erinnerungen an ihr früheres Leben, zeigt jedoch außergewöhnliche Kampffähigkeiten, die auf eine mögliche militärische Vergangenheit hindeuten. Ido, der als Arzt und Cyborg-Techniker arbeitet, nimmt Gally bei sich auf und behandelt sie wie eine Tochter.

Die Handlung konzentriert sich auf Gallys Versuche, sich in der rauen Welt von Scrapyard zurechtzufinden und ihre Identität zu finden. Dabei gerät sie in Konflikte mit verschiedenen Gegnern, darunter Kriminelle und andere Cyborgs. Ein zentraler Antagonist ist Makaku, ein psychopathischer Cyborg, der durch den Verzehr von menschlichen Gehirnen versucht, seine eigene Existenz zu stärken. Gallys Begegnung mit Makaku führt zu einem intensiven Kampf, der ihre Fähigkeiten und ihren Willen auf die Probe stellt.

Neben den actionreichen Szenen werden auch Themen wie Identität, Menschlichkeit und die Beziehung zwischen Technologie und Moral untersucht. Gallys Suche nach ihrer Vergangenheit und ihre Beziehung zu Ido spielen eine wichtige Rolle in der Entwicklung der Handlung. Die OVA bietet einen Einblick in die komplexe Welt von "GUNNM" und legt den Grundstein für die weiteren Abenteuer der Protagonistin.