"FLCL Alternative" ist ein Anime-Film, der als Fortsetzung der ursprünglichen "FLCL"-Reihe fungiert. Die Handlung dreht sich um Kana Koumoto, eine 17-jährige Schülerin, die in einer scheinbar normalen Kleinstadt lebt. Kana und ihre Freunde, Pets, Hijiri und Mossan, verbringen ihre Tage mit alltäglichen Aktivitäten, während sie sich auf das Erwachsenwerden vorbereiten. Die scheinbare Normalität wird jedoch gestört, als ein mysteriöses Raumschiff auftaucht und eine Reihe surrealer Ereignisse auslöst.

Kana wird von Haruko Haruhara, einer exzentrischen und rätselhaften Frau, angesprochen, die behauptet, eine Reporterin zu sein. Haruko hat jedoch versteckte Absichten und ist eng mit den seltsamen Phänomenen verbunden, die in der Stadt auftreten. Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass Kana eine zentrale Rolle in den Ereignissen spielt, die sich um das Raumschiff und die seltsamen Kreaturen drehen, die aus ihrem Kopf zu entstehen scheinen. Diese Kreaturen, bekannt als "NOID", sind Manifestationen von Kanas inneren Konflikten und Ängsten.

Die Handlung erkundet Themen wie Identität, Erwachsenwerden und die Herausforderungen des Lebens. Kana steht vor der schwierigen Aufgabe, ihre eigenen Unsicherheiten zu überwinden und ihren Platz in der Welt zu finden. Ihre Freunde spielen dabei eine wichtige Rolle, da sie gemeinsam die Absurditäten und Herausforderungen bewältigen, die ihnen begegnen. Haruko fungiert als Katalysator für diese Entwicklungen, indem sie Kana immer wieder in ungewöhnliche Situationen bringt und sie dazu zwingt, sich mit ihren inneren Konflikten auseinanderzusetzen.

Der Film verbindet humorvolle und absurde Elemente mit tiefergehenden emotionalen Momenten. Die surrealen und oft chaotischen Ereignisse spiegeln Kanas innere Unruhe und ihre Suche nach Klarheit wider. Am Ende findet Kana eine gewisse Form der Akzeptanz und des Verständnisses für sich selbst und ihre Umgebung, auch wenn viele Fragen offen bleiben. "FLCL Alternative" bietet eine eigenständige Geschichte, die sich auf die Charakterentwicklung und die emotionalen Aspekte des Erwachsenwerdens konzentriert, während sie die ikonischen surrealen und actionreichen Elemente der "FLCL"-Reihe beibehält.