Die Manga-Serie "FLCL" basiert auf der gleichnamigen Anime-Serie und wurde von Hajime Ueda adaptiert. Die Handlung spielt in der fiktiven Stadt Mabase und dreht sich um den 12-jährigen Naota Nandaba, der ein scheinbar normales Leben führt. Sein Alltag wird jedoch auf den Kopf gestellt, als Haruko Haruhara, eine exzentrische und rätselhafte Frau auf einem gelben Vespa-Moped, in sein Leben tritt. Haruko schlägt Naota mit einer Bassgitarre auf den Kopf, was unerwartete Konsequenzen hat: Aus seiner Stirn wächst ein riesiger Roboter namens Canti, der aus Naotas Kopf hervorkommt, wenn bestimmte Bedingungen erfüllt sind.

Haruko gibt vor, Naotas Haushälterin zu sein, und zieht bei seiner Familie ein. Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass sie auf der Suche nach einem mächtigen Wesen namens Atomsk ist, das von der intergalaktischen Firma Medical Mechanica gefangen gehalten wird. Haruko nutzt Naota und Canti, um ihre eigenen Ziele zu verfolgen, während Naota versucht, mit den seltsamen Ereignissen in seinem Leben zurechtzukommen. Die Handlung ist geprägt von surrealen und oft absurden Ereignissen, die die Grenzen zwischen Realität und Fantasie verschwimmen lassen.

Naota steht im Mittelpunkt der Geschichte, während er mit den Herausforderungen des Erwachsenwerdens, familiären Spannungen und seinen Gefühlen für Haruko und seine Klassenkameradin Mamimi Samejima kämpft. Mamimi, die früher mit Naotas älterem Bruder zusammen war, der in die USA gezogen ist, entwickelt eine obsessive Beziehung zu Naota und sucht Trost in seiner Nähe. Die Dynamik zwischen den Charakteren ist komplex und oft von Missverständnissen und emotionaler Unsicherheit geprägt.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von skurrilen und actionreichen Begegnungen, bei denen Canti eine zentrale Rolle spielt. Medical Mechanica, eine mysteriöse Organisation, die die Stadt dominiert, versucht, die Kontrolle über Canti und Naota zu erlangen, was zu mehreren Konflikten führt. Die Serie verbindet Elemente von Science-Fiction, Coming-of-Age und Absurdität, während sie Themen wie Identität, Pubertät und die Suche nach Bedeutung erkundet.

Die Manga-Adaption behält den chaotischen und experimentellen Stil des Animes bei, erzählt die Geschichte jedoch in einer eigenständigen Weise, die sich in manchen Aspekten von der Vorlage unterscheidet. Die Charaktere bleiben jedoch treu zu ihren Anime-Pendants, und die Handlung behält den gleichen rasanten und unvorhersehbaren Rhythmus bei.