"Black Lagoon: The Second Barrage" setzt die Handlung der ersten Staffel fort und vertieft die Geschichte der Lagoon Company, einer Gruppe von Söldnern, die in der südostasiatischen Hafenstadt Roanapur operiert. Die Serie beleuchtet weiterhin die moralisch ambivalente Welt des organisierten Verbrechens, in der die Grenzen zwischen Gut und Böse verschwimmen.

Die Handlung konzentriert sich auf Revy, eine toughe Schützin und Hauptfigur der Gruppe, sowie Rokuro Okajima, einen ehemaligen japanischen Geschäftsmann, der sich an das Leben in der kriminellen Unterwelt anpasst. Die Lagoon Company übernimmt weiterhin gefährliche Aufträge, die sie in Konflikte mit rivalisierenden Gangs, korrupten Beamten und anderen skrupellosen Akteuren verwickeln. Dabei werden die Charaktere mit ihren eigenen inneren Konflikten und ihrer Vergangenheit konfrontiert.

Ein zentraler Handlungsstrang befasst sich mit der Ankunft von Roberta, einer ehemaligen kolumbianischen Guerillakämpferin, die als Haushälterin für eine reiche Familie arbeitet. Als ihr Schützling entführt wird, begibt sie sich auf eine gnadenlose Rachemission, die Roanapur in Chaos stürzt. Die Lagoon Company wird in diesen Konflikt hineingezogen und muss sich gegen Roberta und andere gefährliche Gegner behaupten.

Parallel dazu wird die Beziehung zwischen Revy und Rokuro weiterentwickelt. Rokuro, der sich zunehmend von seiner früheren Identität als "Rock" distanziert, ringt mit den moralischen Dilemmata seiner neuen Umgebung. Revy hingegen zeigt trotz ihrer harten Fassade Momente der Verletzlichkeit, die ihre komplexe Persönlichkeit offenbaren.

Die Serie behandelt Themen wie Loyalität, Identität und die Auswirkungen von Gewalt auf das menschliche Wesen. Die Handlung ist geprägt von intensiven Actionsequenzen, politischen Intrigen und einer düsteren Atmosphäre, die die brutale Realität der kriminellen Unterwelt widerspiegelt. Die Charaktere bleiben dabei vielschichtig und entwickeln sich im Laufe der Handlung weiter, was die Serie zu einem fesselnden Porträt einer gnadenlosen Welt macht.