"Black Gate" ist eine OVA, die in einer dystopischen Zukunft spielt, in der die Welt von einer mysteriösen, übermächtigen Organisation namens "Black Gate" kontrolliert wird. Die Handlung dreht sich um eine Gruppe von Rebellen, die gegen die Unterdrückung durch diese Organisation kämpfen. Die Protagonisten, darunter der charismatische Anführer Kaito und die technisch versierte Hackerin Yuki, schließen sich zusammen, um das dunkle Geheimnis hinter Black Gate aufzudecken und die Menschheit zu befreien.

Die Geschichte beginnt mit der Entführung eines jungen Wissenschaftlers, der an einer revolutionären Technologie arbeitet, die Black Gate für ihre eigenen Zwecke nutzen will. Kaito und seine Gruppe greifen ein, um den Wissenschaftler zu retten, und stoßen dabei auf eine Reihe von gefährlichen Experimenten, die Black Gate an Menschen durchführt. Diese Experimente zielen darauf ab, die menschliche DNA zu manipulieren, um eine überlegene Rasse von Soldaten zu erschaffen.

Im Laufe der Handlung wird deutlich, dass Black Gate nicht nur eine politische Macht ist, sondern auch tief mit übernatürlichen Phänomenen verbunden ist. Die Organisation nutzt eine antike, mystische Energiequelle, die als "Schwarzes Tor" bekannt ist, um ihre Ziele zu erreichen. Diese Energiequelle ermöglicht es ihnen, Portale zu anderen Dimensionen zu öffnen und Kreaturen aus diesen Dimensionen zu beschwören, die als Waffen eingesetzt werden.

Die Rebellen müssen sich nicht nur mit den militärischen Kräften von Black Gate auseinandersetzen, sondern auch mit den übernatürlichen Bedrohungen, die durch die Aktivitäten der Organisation freigesetzt werden. Dabei entdecken sie, dass einige Mitglieder ihrer eigenen Gruppe Verbindungen zu Black Gate haben, was zu inneren Konflikten und Verrat führt.

Die OVA endet mit einem offenen Finale, das Raum für Spekulationen lässt. Die Rebellen gelingt es zwar, einen wichtigen Schlag gegen Black Gate zu führen, doch die wahre Natur der Organisation und die Bedrohung durch das Schwarze Tor bleiben bestehen. Die Charaktere müssen sich weiterhin mit den moralischen und ethischen Dilemmata auseinandersetzen, die sich aus ihrem Kampf ergeben, während sie gleichzeitig versuchen, die Welt vor der totalen Vernichtung zu bewahren.