"Moby Dick Five" ist eine Anime-Serie, die in einer futuristischen Welt angesiedelt ist, in der die Menschheit mit außerirdischen Bedrohungen konfrontiert ist. Die Handlung dreht sich um eine Gruppe von fünf jungen Piloten, die in speziell entwickelten Raumschiffen, den sogenannten "Whale Ships", gegen eine mysteriöse außerirdische Spezies kämpfen. Diese Spezies, bekannt als die "Dark Whales", bedroht die Existenz der Menschheit und hat bereits zahlreiche Kolonien im Weltraum zerstört.

Die Protagonisten, allesamt Mitglieder der Eliteeinheit "Moby Dick Five", werden von Commander Ahab angeführt, einem charismatischen und entschlossenen Anführer, dessen Familie bei einem Angriff der Dark Whales ums Leben kam. Ahab ist von Rache getrieben und hat es sich zur Aufgabe gemacht, den Anführer der Dark Whales, einen gigantischen und intelligenten Wal namens "Moby Dick", zu jagen und zu vernichten. Die anderen Mitglieder der Einheit sind Ishmael, ein junger und unerfahrener Pilot, der sich im Laufe der Serie zu einem fähigen Kämpfer entwickelt; Queequeg, ein ruhiger und stoischer Krieger mit einer geheimnisvollen Vergangenheit; Starbuck, eine taktisch begabte und strategisch denkende Pilotin; und Pip, ein technisch versierter Mechaniker, der für die Wartung der Whale Ships verantwortlich ist.

Die Serie folgt den Missionen der Moby Dick Five, während sie gegen die Dark Whales kämpfen und gleichzeitig die Geheimnisse hinter deren Herkunft und Absichten aufdecken. Im Verlauf der Handlung werden die Charaktere mit moralischen Dilemmata konfrontiert, die die Grenzen zwischen Gut und Böse verschwimmen lassen. Die Beziehungen zwischen den Crewmitgliedern entwickeln sich, und es werden persönliche Konflikte sowie die Auswirkungen des Krieges auf ihre Psyche thematisiert.

Ein zentrales Element der Serie ist die Jagd auf Moby Dick, die sowohl physisch als auch symbolisch ist. Die Dark Whales werden als mächtige und fast unbesiegbare Gegner dargestellt, was die Spannung und den dramatischen Konflikt der Serie verstärkt. Die Handlung ist geprägt von epischen Raumgefechten, politischen Intrigen und der Erforschung der menschlichen Natur angesichts existenzieller Bedrohungen.